近年来我国环境问题频发,由环境问题所引发的公众健康问题使我们深受其扰。我国经济在突飞猛进的发展,可是有些地域的环境状况却几乎与经济发展成反比状态日益恶化。党中央在召开的十八大五中全会上将增强生态文明建设纳入国家五年规划中,环境公益诉讼制度是健全生态文明制度体系中一项重要组成部分。我国的环境公益诉讼制度相比其他发达国家起步略晚,但是我国的司法实践中却已经出现了相关案例,所以说我国对环境公益诉讼的司法实践摸索是早于立法的。环境公益诉讼具有着不同于传统诉讼的特殊性,诉讼的主体资格是其中一个重点也是难点问题。如果主体问题没有明确,那就造成没有适格主体维护权益并承担义务的现况。我国在2012年的《民事诉讼法》的修订中,首次明确了环境公益诉讼,赋予法定机关和有关组织提起环境公益诉讼的权利,紧接着在2014年《环境保护法》修订中,将符合一定条件的社会组织纳入环境公益诉讼主体范围。在这前后两次修改中,主体范围从明确到扩大,是我国环境公益诉讼制度一个质的飞越。但是无论是从理论上还是司法实践的案例中,都可以听到应赋予自然人主体资格的呼声,而无论是之前的民诉法修订还是之后的环保法修改始终未将赋予自然人环境公益诉讼的主体资格,这在建构环境公益诉讼制度上是一个不得不去认真讨论的问题。基于此,本文首先分析三例司法实践中出现的自然人起诉的环境公益诉讼案件,并指出问题所在;其次,从环境权、公共信托、公众参与和私人检察总长理论分析赋予自然人环境公益诉讼主体资格的法理基础;再次,结合上述的法理基础,从现实意义以及可行性两个方面分析赋予自然人环境公益诉讼主体资格;最后,提出几点司法建议。我国目前司法实践中出现的自然人起诉的环境公益诉讼案件法院应怎样处理是个急需解决的问题。这需要我们,在借鉴域外国家在环境公益诉讼主体问题的相关法律法规的经验基础上,并结合我国国情的制定出可以解决司法实践中出现的有关环境公益诉讼主体资格问题的相应对策。