BSA重测序结合元分析挖掘玉米耐旱相关基因的研究

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随着全球变暖,干旱已经成为限制玉米生产的重要因素之一。如何提高玉米品种的抗旱能力,保证粮食生产,已经成为玉米研究者的重要目标。因此,挖掘玉米耐旱相关基因,用于抗旱品种的培育,对玉米生产具有重要意义。本研究利用自交系吉740和H438构建的F2群体作为实验材料,构建抗、感两池,进行BSA重测序分析。同时对玉米耐旱相关性状的QTL信息进行收集和整理,利用元分析方法鉴定出玉米一致性QTL(MQTL),通过与水稻已克隆的耐旱相关基因进行同源对比,挖掘玉米耐旱候选基因。在此基础上,结合BSA重测序结果和元分析结果进行比较,最终确立玉米耐旱候选基因。主要研究结果如下:(1)通过BSA重测序构建抗感两池进行测序,过滤后得到的Clean reads为693.02 Gbp,Q30达到90%以上。样品和参考基因组平均对比效率为98.66%,平均测序深度为19.75x,基因组1x覆盖率为84.77%;基因组5x覆盖率为67.51%;基因组10x覆盖率为41.32%。基于ED和SNP-index的关联算法,最终将玉米抗旱区间定位在5号、6号和8号染色体上,区间的总大小为10.4Mb,区间内包含457个候选基因。(2)共收集72篇与玉米耐旱相关QTL定位文章,涉及71个作图群体,共1764个耐旱相关性状QTL。有1118个耐旱相关性状QTL映射到IBM 2 2008Neighbors参考图谱上,经元分析在水分条件下和干旱条件下分别检测到68个MQTL和41个MQTL。有646个耐旱相关性状QTL映射到IBM Maize SNP50参考图谱上,经元分析在水分条件下和干旱条件下分别检测到55个MQTL和34个MQTL。(3)共收集水稻以克隆耐旱基因20个。利用NCBI网站在线软件Blastn将水稻耐旱基因与玉米基因组核苷酸序列进行同源对比,最终在MQTL区间内挖掘出13个玉米耐旱候选基因。(4)结合BSA重测序结果和元分析结果进行比较分析,在6号染色体共找到2个重叠区域,物理区间分别为72.87Mb-73.28Mb和73.37Mb-73.40Mb,区间总大小为438kb,共包含9个候选基因。通过基因综合分析,最终确定7个玉米耐旱候选基因。
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