我国实行独立董事与监事会并存的“双层制”监督机制,独立董事制度是为解决“内部人控制”而引入,以加强董事会内部监督、事前监督以及决策过程监督,监事会则是注重事后监督、外部监督,二者协作以降低代理成本,但是现实情况却未体现出比其他国家更好的监督效果,代理成本问题十分严重。代理成本问题将直接影响企业的运营效率和绩效,如何改善公司治理结构,降低代理成本在学术界和实业界都是十分受人关注的问题,国内外许多学者对此做过研究。本文基于委托-代理理论,从独立董事和监事会特征与代理成本的关系入手,采用Ang.等(2000),Singh and Davidson(2003)等采用的资产周转率和费用率作为代理成本的量化指标,通过2007-2009年上证A股的部分上市公司的面板数据做实证分析,辅助以比较分析,二者结合以期得出我国现阶段的独立董事和监事会设置有没有起到降低代理成本的作用,同时分析什么样的独立董事设置和监事会设置能更好的降低代理成本。通过分析,我们发现,提高独立董事比例能明显的降低代理成本,而监事会的特征变量与代理成本的关联性大部分都不显著,同时发现国有控股与否对于代理成本影响明显,这可能是因为我国特殊的国情,加上07-09年金融危机的影响,国家出台的刺激性经济政策倾斜有关。希望本文的结果对于我国公司治理模式的改进能够提供一些建议。