【摘 要】
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蛋白质二级结构预测的方法中绝大多数都是根据蛋白质的一级结构信息即氨基酸序列来进行预测的,而没有考虑到编码蛋白质氨基酸残基序列的DNA序列及其对应密码子中是否隐含有与
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蛋白质二级结构预测的方法中绝大多数都是根据蛋白质的一级结构信息即氨基酸序列来进行预测的,而没有考虑到编码蛋白质氨基酸残基序列的DNA序列及其对应密码子中是否隐含有与蛋白质的二级结构相关的信息.该研究的目的就是通过把蛋白质的二级结构与编码该蛋白质的基因的DNA序列关联起来,并用统计方法对它们之间的关系进行分析,来寻找密码子与蛋白质二级结构之间的一些规律.首先从PDB、GenBank和Swiss-Prot等公共数据库中自动下载统计分析所需的原始数据,然后以氨基酸残基序列为媒介,把蛋白质的二级结构类型与编码该蛋白质的基因的DNA序列关联起来.通过对大肠杆菌(E.coli)的蛋白质二级结构 α 螺旋、β折叠和无规卷曲的片段分别进行分析,发现有些蛋白质二级结构所对应氨基酸的密码子在结构片段的不同位置上具有明显的分布偏向性.有些密码子偏向于出现在结构片段的头部,有些则偏向于出现在结构片段的中部或尾部.同时还发现 α 螺旋片段中具有位置偏向性的密码子较多,而β折叠和无规卷曲片段中具有偏向性的密码子则较少.对人类蛋白质二级结构的片段进行统计分析,发现密码子也具有类似的偏向性,但是与大肠杆菌相比,又具有自己的特征.
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