随着近年来科学技术的持续发展特别是信息技术的跨越式发展，现代工程系统的复杂度在不断增加，其中包括信息交互的复杂度，执行逻辑的复杂度还有参数运算的复杂度。这些复杂度全方位地持续增加到一定程度就会引发质变，导致传统的基于文档的系统工程方法难以驾驭其巨大复杂性。对于这样复杂的系统，系统工程运行中的主要困难很大程度上并不是知识与技术上的困难，而是对于以文档形式存在的系统内容和信息的理解、表达、追溯的困难。当工程中某一局部发生变更时，工程人员就需要耗费大量的时间和人力从海量文档中去追溯捕获相应的受到局部变更影响的元素。在这样的背景下，基于模型的系统工程方法应运而生，该方法取代传统的基于文档的系统工程方法，以模型而非文档作为组织工程的工件，所有的工程内容和信息都用模型进行表达和传递，在使用模型的过程中也同时会使用特定的系统工程方法，从而利用起模型的优势来研究和创建更为复杂的工程系统。　　本文对基于模型的系统工程思想与方法进行了梳理与总结，探讨分析了其发展脉络和内在联系。然后分析讨论了两类复杂系统，Ⅰ型系统（边界外信息交互密集型）与Ⅱ型系统（边界内数值处理密集型），结合Harmony-SE方法的具体实现途径分析了该方法分别在处理这两类系统时表现出的适用性，得到结论是Harmony-SE方法对于Ⅰ型系统较为适用，但是对于Ⅱ型系统适用性不足。本文对Harmony-SE方法做了针对性的改进，给出了完整的改进设计方案以使它能够适用于Ⅱ型系统的设计开发。再以改进后的方法对自寻的导弹导航系统案例进行了应用开发，得到了系统模型及计算模型，并进行了模拟验证。验证结果表明以Harmony-SE方法为基础所设计的改进方法适用于Ⅱ型系统的设计开发，尤其在Ⅱ型系统的功能分配和参数分配过程中发挥了重要作用。