在当代,任何重大的经济、社会和科技问题,尤其是全球性问题,都是相当复杂的综合性问题,不是哪个单一学科所能解决的,而唯有跨学科才能胜任。作为跨学科活动的重要载体,高校若通过不断建立各种实体跨学科组织来适应学科与科技创新发展的需要,显然是不现实的。高校必须改变传统的“大而全”、“小而全”的办学模式,突破传统院系所的有形界限,通过整合内外部资源,实现优势互补、互利共享的跨学科联合攻关。基于此,本论文将企业虚拟组织的概念引入高校跨学科组织的建设中,界定了高校虚拟跨学科组织的概念及内涵,并在分析其现状的基础上,通过借鉴国外一流研究型大学相关组织建设的成功经验,从组织的基础、结构、契约及人员等角度出发,构建了较为科学、合理的高校虚拟跨学科组织。本论文所构建的高校虚拟跨学科组织有着明显的“学科规模效应”,将有利于缩短跨学科成果产出周期,降低跨学科教育与科研成本;但其虚拟模式又使得组织运行更加复杂化。因此,本论文分析了影响高校虚拟跨学科组织成功运行的三大难题,即知识共享、成员激励与信任关系,并相应构建了较为科学合理的组织运行机制:一是共享机制,即在分析知识共享影响因子基础上构建的知识共享体系;二是激励机制,即在分析成员需求基础上设计的包括组织激励、文化激励、工作激励、报酬激励在内的激励机制;三是信任机制,即在分析组织信任关系演变模型基础上建立的“高、中、基”三层信任机制。三大机制的共同作用,将极大地促进我国高校虚拟跨学科组织有效运行。