耕地是人类生产生活的重要基础，也是发展经济的重要生产资料。我国一直把保护耕地作为基本国策，耕地保护在我国各项工作中占据着十分重要的地位。但是快速城市化占用了大量耕地，同时伴随着耕地质量的下降，我国耕地保护的形势依然十分严峻，土地矛盾也日渐突出。为了应对经济发展与耕地保护的矛盾，及应对土地利用中的矛盾纠纷，我国出现了农民耕地保护自治组织——农民耕地保护协会，对保护耕地，增强农民的知情权、参与权有重要意义。为了促进耕地保护制度改革的顺利推进，有必要研究耕地保护自主治理对耕地保护的实际影响，耕地保护自主治理的目标实现程度，科学理解农民参与耕地保护自主治理的内在机理和影响。因此，本文借助金坛市4镇8村，及188户农户的调查数据，从几个方面进行了耕地保护中自主治理的研究。　　第一，探讨了我国现行制度环境下，耕地保护中自主治理产生的理论原因。本文认为，政府和市场的双重失灵为耕地保护中农民自主治理的产生创造了制度空间。第二，探讨了农民耕地保护自主治理对耕地保护的影响，即耕地保护自治组织是否起到了保护耕地的作用。本文研究结果表明，农民自主治理对耕地保护能够产生显著的影响，且影响方向为正，即自主治理能够促进耕地保护目标的达成。第三，从微观农户的角度，用logistic回归模型分析了影响农户参与耕地保护自主治理意愿的因素。农户个人特征、农业生产特征、农户对耕地保护的认知度、社会资本、乡村治理和政府支持都会对农户参与耕地保护自主治理的意愿产生影响，但影响程度有所不同。最后，在上述研究的基础上，提出了农民耕地保护协会组织创新与改革的对策建议。当前，农民耕地保护协会主要以村为单位，力量较薄弱，今后协会可以朝体系化的方向发展，依次建立基层、市、省、全国农民耕地保护组织，提升协会的能力。今后农民耕地保护协会的发展中，需要完善法律体系，确立协会的合法地位，培养高素质人才，为协会发展奠定人才基础，健全财务体系，为各级协会的发展提供保障，建立监督机制，保证协会工作的有序开展。