DNA拉直方法的研究及标准的制定

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DNA是最为重要的遗传物质,它为生命体及生命行为提供信息代码,同时研究发现,目前很多重大疾病的产生都很可能是由DNA突变导致的。因此无论是在生物学还是临床医学上,对DNA单分子进行测序都是非常有必要的,但传统的技术手段很难对单分子进行测序。近年来,随着原子力显微镜等纳米技术的发展,再结合DNA拉直技术和传统的生物测序技术,实现了对单分子DNA的有序化测序。研究表明,对单分子进行测序,需要先将单分子拉直。故进行DNA拉直是整个测序过程中的第一步,也是非常关键的一步,如果DNA分子无法被拉直,后面的测序实验将无法成功地进行下去。但按照目前的方法来制备直线型的DNA样品,其成功率非常低,为了解决这一难题,本论文做了以下探究:  首先根据DNA分子的大小,要求选择表面达到原子级平整度的物质作为拉直DNA分子的基底。本实验中我们选用APTES(3-氨基丙基三乙氧基硅烷,3-aminopropyltriethoxysilane)溶液处理过的云母作为基底,要求APTES-云母(APTES溶液修饰后的云母)表面的粗糙度不能太大,而影响其的主要因素可能为APTES溶液的浓度和修饰时间。通过实验验证,我们发现在一定浓度范围内,APTES溶液浓度对APTES-云母表面粗糙度的影响不大,几乎可以忽略。同时还研究了APTES溶液修饰云母的时间对APTES-云母表面粗糙度的影响,实验表明,在一定时间范围内,修饰时间对APTES-云母表面粗糙度的影响也不大。根据前人的研究得知,刚刚制备的APTES-云母表面的吸附力非常强,很难在其上面拉直DNA分子。因此,我们考察了烘烤APTES-云母的时间对DNA拉直效果的影响,发现在一定烘烤时间范围内,烘烤时间对DNA拉直效果影响很大,烘烤时间越长,DNA的拉直效果越好,并得出最佳的烘烤时间。  另外,拉直DNA的方法有很多,如自然沉积法、离心旋涂法、分子梳法等,其中分子梳法是最为常用的方法之一。此方法操作简单,而且拉直效果较其它方法要好一些。但此方法仍然不够完善,其拉直的成功率依然不高,并且分子之间的方向性也很差,尤其DNA溶液浓度很大时,分子之间会相互交叉或重叠形成网状的结构,此时DNA就很难被拉直。为了能够克服这一缺点,本文还探讨了不同的拉直方法及DNA溶液的浓度对拉直的影响,通过实验证实了我们的猜想,即:不同拉直方法对DNA拉直影响很大。此后,研究了不同浓度DNA溶液对DNA分子拉直的影响,研究结果表明,DNA溶液浓度有一个合适的范围,浓度太大或太小都会对DNA分子拉直产生影响。  根据以上分析,得出了一套标准的DNA分子的拉直工艺,按照此标准来拉直DNA分子,其重复率很高,且DNA分子排列的方向性非常一致。
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