柑橘属（Citrus L.）植物起源于喜马拉雅山脉的东南丘陵地带,包括云南西部等地区,并在最近的几百年间被引入全世界气候温暖适宜栽培的热带或亚热带地区。由柑橘衰退病毒（Citrus tristeza virus,CTV）造成的柑橘衰退病是最严重的柑橘病害之一,该病害广泛分布于全世界柑橘种植区并造成严重的经济损失。CTV是长线形病毒科（Closteroviridae）已知唯一侵染柑橘的成员,而葡萄、樱桃和黑莓,都可被多种长线形病毒侵染。我们对柑橘病毒的认识很大程度上来源于栽培柑橘的病毒病理学,而对自然生态系统中的病毒多样性知之甚少。为了探究野生生境下柑橘病毒的多样性,我们采集了野生生境下的柑橘样品,利用宏病毒组学方法从中鉴定了5种CTV基因型和3种长线形病毒科新病毒。本研究对野生柑橘中的四种长线形病毒进行了序列验证、基因组结构及特征分析、进化和重组分析,明确了其分类地位并验证了其可嫁接传播能力。此外,我们还探究了其中一种新病毒在不同柑橘品种上的症状表现。本研究主要结果如下:1.本研究于2018年7月至2019年8月在云南省哀牢山地区采集了32份野生柑橘样品,利用去r RNA转录组建库测序,从样品中发现了CTV和3个潜在的新病毒。利用反转录PCR和c DNA末端快速扩增技术确定了3个潜在的新病毒的序列,对其分别命名为Citrus virus B（CiVB）,Citrus associated ampelovirus 1（CaAV-1）和Citrus associated ampelovirus 2（CaAV-2）。试验显示3种新的长线形病毒都可以通过嫁接传播。田间分布调查显示CaAV-1和CiVB在云南德宏州和宾川县均有分布。品种敏感性试验显示CaAV-1在不同柑橘品种上表现卷叶相关症状。2.对3种新的柑橘长线形病毒的基因组结构及特征进行分析,发现这些新的柑橘长线形病毒具有以下特征:i)与已知的长线形病毒科成员相比具有较大的变异;ii)具有较强的与不同来源的基因进行重组的能力;iii)在基因组结构和表达策略方面存在较大差异。分析发现,频繁的水平基因转移,基因重复和表达策略的改变塑造了长线形病毒科复杂多样的基因组。3.对柑橘长线形病毒进行进化分析,结果表明,CaAV-1和CaAV-2是葡萄卷叶病毒属（Ampelovirus）的新成员,CiVB可能属于长线形病毒科一个新的属。长线形病毒科不同成员之间的重组发生的较为频繁。分析发现,CaAV-1和CTV具有相似的不对称分化的基因组——保守的3’半端和变异程度更高的5’半端。由于技术的限制,之前对野生柑橘病毒的研究仅限于CTV不完整基因组序列的分子特征。本研究首次调查了野生柑橘中病毒的多样性。鉴于CTV对全世界柑橘产业的危害,以及新发病毒病害对柑橘产业的潜在影响,本研究为这些新的柑橘长线形病毒的生物学特性研究以及病毒病害流行风险研究奠定了基础,同时表明了野生柑橘资源保护的重要性。此外,已有几种长线形病毒被开发为载体用于几种经济木本作物,这些新的长线形病毒也具有用于柑橘病害控制和性状改良载体构建的良好潜力。