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水稻(Oryza sativa L.)作为当今世界最重要的粮食作物之一,大约一半以上的人口以水稻为主要食物。在水稻驯化过程中,由于自然和人工的选择,逐渐分化出籼稻和粳稻两个亚种。这两个亚种之间的杂交经常会产生杂交不亲和现象。由于水稻是单子叶植物,二倍体,有12对染色体,基因组大小约为430Mb,被作为模式植物广泛用于研究和育种中。构建遗传图谱,定位并克隆与重要农艺性状相关的基因或数量性状相关位点(QTL),对于培育具有优良性状的水稻品种具有重要意义。为了研究偏分离位点对遗传图谱的构建及QTL定位的影响,本研究基于9311和日本晴间的SNP位点信息,通过实验验证并挑选均匀分布在染色体上的分子标记,设计并合成了384 GoldenGate SNP芯片,用于分型298个由9311(父本,籼稻)和日本晴(母本,粳稻)杂交产生的能够稳定遗传的重组自交单株(259个F5,39个F6)。此外,为了评价偏分离位点对QTL定位的影响,本研究还收集了152个重组自交单株共14个重要的农艺性状,包括千粒重,粒长/宽比,穗长,芒长,芒色,壳色,株高,剑叶长,剑叶宽,剑叶长/宽比,有效穗数,生育期,结实率和倒伏率等。通过生物信息学分析,总共得到323个在群体中具有多态性的SNP位点。最终,利用294个SNP标记构建了遗传距离为1,583.2 cM的遗传图谱,其中78.57%为偏分离位点。此遗传图谱与其他研究中仅利用非偏分离位点构建的遗传图谱具有较高的一致性(R2=0.6924,p<0.01)。基于遗传图谱,共找到85个与收集的重要农艺性状显著相关的QTL(表型解释率≥5%),其中34个与已知基因或QTL等位,17个与育性相关。在含有偏分离标记的QTL中,来自9311和日本晴的个体具有明显相反的表型。本研究结果表明,偏分离位点可有效的用于遗传图谱的构建,也可用于定位与重要农艺性状相关的QTL。偏分离位点除了与遗传和环境因素有关外,还可能与籼粳杂交不亲和相关。基因型来源不同的植株在含有偏分离位点的QTL处表型显著不同,也说明偏分离位点可能导致QTL的出现。通过本研究,我们为理解籼粳杂交不亲和及偏分离位点与QTL之间的关系提供了有效的证据。