河流生态系统健康的概念自提出以来，经过不断完善和发展，目前已经形成大家认可度比较高的概念，对河流生态系统健康的评价成为研究热点。小清河作为山东省内重要河流，对其生态系统健康的评价可以掌握小清河流域现阶段的健康状况，可为小清河治理提供科学依据。本文以小清河为研究对象，根据小清河实际情况，选取干流12个采样点，分季节于2014年5月、7月、9月和11月进行四次采样，分别采集浮游藻类定性、定量样本和进行水质测定。从化学参数、浮游藻类、模糊综合评价三个方面对小清河生态系统健康进行了分析，主要结论如下：（1）根据化学参数氨氮、总磷、COD和叶绿素a不同采样点和不同季节的变化，结果表明小清河夏季水质最好，春季最差，小清河氨氮和总磷浓度从源头至入海口呈逐渐减少的趋势，COD浓度从源头至入海口呈逐渐增大的趋势，小清河受还原性物质污染增强，小清河整体处于中度到重度污染状况。（2）浮游藻类共发现8门53属，其中绿藻门17属，占总数的32.1%，硅藻门15属，占总数的28.3%，蓝藻门11属，占总数的20.8%，裸藻门4属，占总数的7.5%，甲藻门3属，占总数的5.6%，隐藻门、黄藻门、金藻门各1属，各占总数的1.9%；通过对浮游藻类群落结构、数量和种类的时空变化及其Shannon-Wiener指数、Pielou指数和Margalef指数的分析，认为小清河整体处于轻度到中度污染状况。（3）为弥补单纯化学评价和生物评价结果可能不同的不足，引入模糊理论，使用熵权模糊综合评价法，综合系统的从社会经济状况、水体理化参数、水生生物和河流及河岸带4个层面选取14项指标对小清河生态系统健康进行评价，得到小清河整体生态健康水平对于良好状态隶属度最高，为0.2706。（4）根据本文对小清河的研究提出了一些治理措施，包含污染源控制、工程措施、生物治理、政策法规等方面。