目的探究上世纪50年代以来德宏州鼠疫疫情的流行病学特征及其所分离鼠疫菌株的基因组流行病学特征,为鼠疫防治提供理论支撑。方法收集1950-2019年德宏州动物和人间鼠疫疫情资料、监测数据资料,进行描述性流行病学分析;将德宏州鼠疫菌菌株进行高通量测序测序,结合NCBI上已公布的368个鼠疫耶尔森氏菌全基因组序列进行系统发育分析,分析德宏州鼠疫菌的基因分型;把1.ORI2分支上的172株菌重新建立ML树,进行基因组进化种群结构研究;把1.ORI2分支内的三个主要种群单独建立ML树,并结合流行病学资料分析各亚群内及亚群间的传播模式。通过SNPs分析、INDEL分析、基因组获得缺失分析和BLSAT比对进行基因组变异分析,明确两个流行期间的基因差异,采用贝叶斯法构建BEAST树,推算祖先时间和菌株进化时间。结果(1)1950-2019年先后在德宏州5个县(市)的36个乡(镇)判定疫点数614个,发现1153例人间病例,死亡379例,从宿主及媒介体内分离出鼠疫菌1577株和418株。(2)德宏州鼠疫菌中存在1.ORI2、1.ORI3、1.IN2、2.ANT和2.MED 5种基因型,1.ORI2种群为优势种群(包括1.ORI2A、1.ORI2B、1.ORI2C三个亚群),1.ORI2A亚群分布的主要是五十年代盈江县和陇川县菌株,1.ORI2B亚群主要分布的是八十年代陇川县和瑞丽市的菌株,1.ORI2C亚群分布的是九十年代盈江县的菌株。(3)1950-1955年(流行期1)的传播模式是陇川县→盈江县和梁河县,1982-2007年(流行期2)的传播模式是瑞丽市→陇川县、盈江县→梁河县和芒市。(4)五十年代优势种群为1.ORI2A,八十年代后被1.ORI2B所替代,九十年代后1.ORI2C又取代1.ORI2B成为本地的优势种群并在本地定植。(5)SNPs分析鉴定出179个位点,非编码区有67个,编码区有112个,编码区的位点中非同义突变位点77个,同义突变位点35个,其中5个SNPs发生在流行期1,12个SNPs发生在流行期2。(6)INDEL分析鉴定出125个位点,37个位于非编码区,88个位于编码区,编码区的88个位点位于64个基因上,有69个发生了移码突变,其中有3个发生于流行期1,5个发生于流行期2。(7)基因获得缺失分析发现与八十年代菌株相比较,五十年代菌株缺失了64个基因,九十年代菌株缺失了11个基因,64个基因中有58个位于pgm位点上。(8)BEAST分析推算出德宏鼠疫菌的祖先时间是1938年,1.ORI2A亚群的进化时间是1944年,1.ORI2B亚群的进化时间是1976年,1.ORI2C亚群的进化时间是1986年。结论德宏州鼠疫菌多种基因型并存,两次流行虽由不同的谱系导致,但均是近史流行期疫情的延续,两个流行期的菌株均在进化过程中发生了不同程度的变异。而产生这种变异的原因,可能是受到有益于适应性进化的选择压力的影响。由于本地鼠疫流行呈现长期性、顽固性、稳定性的特点,目前虽然处于静息期,但疫情暴发的不确定性仍然存在。