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灰飞虱线粒体基因组的全长为15943 bp，其A+T含量为77.4％。它具有典型的动物线粒体的基因和密码子，而它的大小和核苷酸组成都很好的在其它半翅目物种的范围之内。但是，与假设的节肢动物祖先线粒体基因组的基因排列方式相比，在灰飞虱的线粒体基因组中有两个区域发生了基因重排。tRNACys基因和tRNATrp基因交换了位置，tRNAThr、tRNAPro和nad6基因发生了基因洗牌。
灰飞虱线粒体基因组的蛋白质编码基因有两种起始密码子ATG和ATT。9个蛋白质编码基因具有典型的典型的终止密码子TAA和TAG，而4个蛋白质编码基因基因具有不完整的终止密码子。灰飞虱具有在已知昆虫中最短的atp8基因，而它的nad6基因比其它半翅目物种的都长。
灰飞虱线粒体基因组有22个tRNA基因。灰飞虱tRNA的反密码子与果蝇(Drosophilayakuba)的相同，且除了tRNASer(AGN)、tRNASer(UCN)和tRNAHis以外均可以形成三叶草状的二级结构。tRNASer(AGN)和tRNASer(UCN)缺失了DHU臂，而tRNAHis缺失了TψC臂。
灰飞虱线粒体基因组的A+T富含区可以分为四个部分。第二部分有一个包含了保守元素的茎环状结构，在J链上一个23 bp长的poly-T stretch位于该茎环状结构的下游。第三部分有十一个21 bp长的重复单元。
以上都是浙江湖州灰飞虱线粒体基因组的分析结果。本论文对北京和湖州的灰飞虱线粒体基因组进行了初步的比较分析，从核苷酸替换、同义和异义替换以及蛋白质基因的变化的角度对二者的特点进行了总结。