基因组选择是通过计算高密度单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphism，SNP)效应来估计育种值，通过对有表型信息的大型参考群体进行SNP效应估计，标记的效应值总和为基因组育种值。基因组育种值估计的准确性很大程度上取决于参考群体的规模、参考群体与验证群体的遗传关系。混合来自多个种群的数据集是提高准确性的一种有效措施，特别是在一些规模小或者很难获得表型数据的群体中效果更佳。通过模拟数据的研究结果表明，两同源群体传代分化5代后混合群体的基因组育种准确性为074，而当分化100代后准确性下降到018。对1217头中国西门塔尔牛和462头雪龙黑牛两个群体真实数据的生长发育、胴体和肉质性状等共6个性状进行遗传参数评估的结果表明，不同群体的同一性状的遗传力存在差异，其中西门塔尔牛的胴体重、眼肌而积、宰前活重和金钱腱属于高遗传力性状，日增重属于中高遗传力，剪切力属于低遗传力。而在雪龙黑牛群体中日增重、宰前活重和胴体重是中高遗传力，金钱腱、剪切力和眼肌面积为低遗传力性状，两个群体性状的遗传力变化在011～047。本研究利用GBLUP和Bayes B两种方法分别进行西门塔尔牛和雪龙黑牛基因组育种值进行估计，并进一步用混合群体评估两群体基因组选择育种值估计的准确性。GBLUP方法计算结果显示，对于单群体基因组选择估计育种值来说，西门塔尔牛群体6个性状的估计育种值准确性的平均值为0359，比雪龙黑牛群体的0250高出近11个百分点，当混合群体作为参考群体，将西门塔尔牛和雪龙黑牛分别作为验证群体时的准确性分别下降22％和26％。Bayes B方法与GBLUP方法相比，单群体的准确性分别提高了2％和5％，混合群体的准确性分别提高87％和18％。