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呼吸道合胞病毒作为一种世界性流行病原体,是引起全球婴幼儿、免疫功能不全及老年人急性呼吸道感染的最常见病毒,儿童两岁前几乎都感染过,甚至一半左右会重复感染;并且,老年人RSV感染后也会伴随并发症及死亡病例,给社会和家庭带来沉重医疗和经济负担。但目前仍无疫苗上市,唯一获准用于预防RSV感染的单克隆抗体帕利珠(palivizumab,Synagis(?)),因用量大、费用高等原因,仅限用于预防免疫缺陷和先天心肺疾病等高危新生儿的感染。呼吸道合胞病毒流行具有季节性和地域性,优势流行亚型毒株随年份而变化。呼吸道合胞病毒分子流行病学调查对病毒进化、探索病毒因素与临床表现之间有无关联及高效安全疫苗开发具有重要意义。为快速准确的诊断该病原体,本研究构建呼吸道合胞病毒实时荧光定量PCR通用型(针对M基因)及分型检测平台(针对N和F基因),两个平台均有良好的特异性、重复性及扩增效率;针对灵敏度,测定出对标准质粒检测限为5 copies/reaction,对RSV-A和B亚型病毒检测限均为0.1 PFU/mL。并对678份厦门市妇幼保健院(2016-2019年)急性呼吸道感染住院患儿的咽拭子样本进行检测,结果显示调查期间相对优势亚型随不同年份而转换:B-B-B-A;RSV-A和B两种亚型在临床表现及住院时间上无显著性差异;同时进行了厦门地区第一份分子流行病学初步调查,鉴定出7株ON1型G基因,6株出现了H258Q、H266L特异性替换且形成了一个独特的聚类;2株BA9基因型,也出现了 T2541和A271V特异性替换;临床毒株F基因在已知免疫靶点区域虽有较高保守性,但仍有少量突变;厦门RSV-A/62-10-F株出现帕利珠与病毒抗原结合位点N276S替换,是否耐药有待继续研究。RSV分子流行病学分析能改善临床上对RSV感染疾病管理,关于厦门地区还没有相关报道,本研究结果可以帮助我们了解RSV感染的抗原机制、为抗病毒治疗提供更多的指导。