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木瓜属(Chaenomeles)起源于我国,具有丰富的资源和品种类型和良好的应用前景。目前,关于木瓜属种质资源遗传多样性及亲缘关系的研究还未见报道。本研究利用RAPD(Random amplified polymorphic DNA ,随机扩增的多态性DNA)标记技术,对我国木瓜属12个品种,即‘猩红与金黄’C.×superba‘Crimson and Gold’、‘长寿乐’C.×superba‘Changshoule’、‘绿宝石’C.×superba‘LüBaoshi’、‘多彩’C. speciosa‘Toyo Nishiki’、‘红星’C. speciosa‘Hongxing’、‘大富贵’C.×superba‘Da Fugui’、‘红宝石’C.×superba‘Hong Baoshi’、‘复长寿’C.×superba‘Fu Changshou’、‘单白’C. japonica‘Danbai’、‘碧雪’C.×superba‘Bixue’、‘罗扶’C. cathayensis‘Luofu’、‘长俊’C. cathayensis‘Changjun’进行基因组多态性分析,筛选了5个随机引物;利用AFLP(Amplified fragment length polymorphism扩增片段长度多态性)标记技术我国木瓜属(Chaenomeles)的29个品种即‘猩红与金黄’C.×superba‘Crimson and Gold’、‘长寿乐’C.×superba‘Changshoule’、‘报春’C. speciosa‘Baochun’、‘绿宝石’C.×superba‘LüBaoshi’、‘多彩’C. speciosa‘Toyo Nishiki’、‘紫衣’C.×superba‘Ziyi’、‘凤凰木’C. speciosa‘Fenhuang Mu’、‘红星’C. speciosa‘Hongxing’、‘大富贵’C.×superba‘Da Fugui’、‘红宝石’C.×superba‘Hong Baoshi’、‘复长寿’C.×superba‘Fu Changshou’、‘单白’C. japonica‘Danbai’、‘碧雪’C.×superba‘Bixue’、‘单粉’C. japonica‘Dan Fen’、‘日落’C. japonica‘Riluo’、‘红霞’C. cathayensis‘Hongxia’、‘醉杨妃’C. cathayensis‘Zui Yangfei’、‘罗扶’C. cathayensis‘Luofu’、‘长俊’C. cathayensis‘Changjun’、‘一品香’C. cathayensis‘Yipin Xiang’、‘夕照’C. speciosa‘Xizhao’、‘沂红’C.×superba‘Yi Hong’、‘矮红’C. japonica‘Pygmaeus’、‘粉蝶’C.×superba‘Fendie’、‘红舞’C.×superba‘Hongwu’、‘日本红’C. japonica‘Rubra’、‘沂橙’C.×superba‘Yi Cheng’、‘骄阳’C.×superba‘Jiaoyang’、‘四季红’C. japonica‘Siji Hong’进行基因组多态性分析,从64对引物中筛选了8对随机引物。在NTSYS程序中,统计这些扩增产物用来计算遗传相似系数和遗传距离,建立UMPGA (不加权算术平均法)聚类分析图。从分子水平上研究木瓜属中部分种及品种的亲缘关系和遗传多样性。主要结论如下:(1)通过对常规CTAB法和改良CTAB法两种DNA提取方法对木瓜属品种幼叶的提取效果进行比较研究,确定改良CTAB法较为适合木瓜属品种幼叶基因组DNA的提取,所提的DNA适宜RAPD和AFLP分析。(2)用RAPD-PCR技术对12木瓜属品种进行基因组DNA多态性分析,5个随机引物扩增出313个DNA片段,其中288条谱带表现多态性,多态性检测率为92.01%,表明受试木瓜属品种之间富含遗传多态性带。将扩增图谱利用UPGMA方法构建遗传聚类树状图,分析品种间遗传关系。相似系数0.66将12个木瓜属品种划分为4个品种群,不同相似系数的聚类群划分与花色之间并非完全未有相关性。来源相同花色一致的木瓜属品种之间亲缘关系相对较近,但种源来源对木瓜属品种的亲缘关系的影响比花色更为突出。(3)采用AFLP标记技术对29个木瓜属品种进行研究。8对AFLP引物组合(E-AAG + M-CAA、E-ACA + M-CAA、E-AAG + M-CAC、E-AAG + M-CAG、E-AAG + M-CAT、E-AAG + M-CTG、E-ACA + M-CTT和E-ACG + M-CTT)总计获得1095个位点,其中多态性位点1035个,平均多态率为94.52%。引物组合E-AAG/M-CAT的扩增带数、多态性带数目、多态性比率和标记指数都较高。8对引物组合可以成功地鉴定29个品种,与RAPD结果基本吻合。聚类结果表明,29份供试材料在相似系数为0.61处可划分为四个品种群:贴梗海棠品种群,木瓜海棠品种群、日本海棠品种群和傲大品种群。四个种内各个品种均聚在一起,然后木瓜海棠品种群单独聚在一起,另外其他三个品种群聚在一起,表明同一种的品种间基因型相似系数较高,而木瓜海棠与其它三个品种群的亲缘关系较远。接着日本海棠与其它两个品种群分开,表明日本海棠与另两个品种群亲缘关系较远,而另外两个品种群即贴梗海棠品种群与傲大品种群亲缘关系最近。(4)比较了RAPD和AFLP标记对主要木瓜属样品遗传多样性的研究结果,AFLP标记是检测遗传多样性能力较优、获得多态性效率较高的分子标记。本实验的研究结果表明,RAPD和AFLP技术运用到木瓜属品种的分类上是可靠的,但并不排斥其它分类方法,而应尽量与形态特征相结合,使木瓜属品种的分类更科学、更合理、更准确。总的来说,两种标记的分析结果基本一致,在木瓜属品种鉴别、遗传多样性和亲缘关系分析上稳定、有效。