高校科研经费使用效率的提升是在教育资源紧缺的现状下提高资源利用合理性的关键，对于提高高校科技创新能力、促进中国科技进步具有重要意义。　　我国高校承担了国家80％的科研经费和科研任务，在国家创新体系中占据重要地位。在我国教育科研资源短缺的情况下，政府仍然逐年加大对高校尤其是教育部直属高校的科研投入，但科研经费违规使用、挪用现象却十分严重。因此，很有必要深入研究并分析教育部直属高校科研经费的使用效率，找出其科研活动运行的特点及规律，并发现运行过程中存在的问题和不足，从而提出相应的政策建议，为教育部、财政部等教育科研相关部门更好的认识高校科研工作，指导科研经费的拨付工作，优化配置科研经费提供有力依据和方法借鉴。　　本文将现有研究的“科研效率”与真正的“科研经费使用效率”进行了辨别区分，排除了科研过程中人力资源、物力资源的投入对经费使用效率的影响，单独针对科研经费进行研究，探究其使用效率。本文将科研经费按照支出结构进行划分，建立了针对科研经费投入的指标体系，使用DEA模型，以62所教育部直属高校2010年统计数据为样本，对其科研经费使用效率进行了实证评价。结果显示:(1)教育部直属高校科研经费使用效率整体不高且存在地域差异，中部地区高校DEA有效比例最高，科研经费使用效果最好。(2)综合性大学的科研经费未得到有效利用，存在资金闲置与浪费现象，导致科研经费使用效率不高。(3)多数农林类、医药类、理工类高校存在投入不足问题，应加大科研经费投入量。(4)科研经费支出结构不合理，有的方向投资过多，造成浪费，有的方向投资过少，制约科研活动的进行，导致了科研经费使用效率低下，未能实现最优产出。本文的主要创新点在于:一是建立了针对科研经费使用效率的评价指标体系，实现了对科研经费使用效率的直接评价，解决了科研经费优化配置问题。;二是考虑到科研经费必须经过开支才能计入到科研投入中，故将科研经费的支出类型作为投入指标，并构建了科研经费使用效率的投入产出指标体系;三是教育部直属高校占据着绝大部分的科研资源，科研能力强。本文以教育部直属高校为样本，研究其科研经费使用效率，弥补了目前研究教育部直属高校的文献较少的不足。