工程指挥部是政府职能部门抽调人员组成的临时性机构,工程完工后,指挥部即解散,这种管理模式具有一定的科学性和先进性,才会被不断的沿用。同时,工程指挥部是我国在计划经济背景下,政府在市政项目建设中主导形成的,普遍存在职能不全、质量追诉困难、技术参差不齐、资源浪费和易发生腐败等问题。本文首先综述了国内外政府工程管理模式的现状,其次是以昆明市A项目工程指挥部为例,通过问卷调查与访谈形式系统分析了A项目工程指挥部的优缺点,最后利用项目治理和项目管理理论,进一步分析了指挥部管理模式存在弊端的深层原因,提出了未来工程指挥部管理模式的优化方案。通过问卷调查和访谈分析,得出结论如下：(1)通过对昆明市A项目工程指挥部的问卷调查与访谈,发现在重大市政基础设施建设过程中,指挥部管理模式具有组织迅速、利于经验积累、协调力度大和集中办公等优势。(2)问卷调查与访谈同样表明,工程指挥部管理模式在项目建设过程中存在权责不清、信息流通受阻、管理交叉、前期准备不足等几方面的缺陷。其主要原因是政府工程建设过程中矩阵式组织结构难以适应工程建设的时序过程,以及项目管理与项目治理不分的结果。本论文研究结论：基于项目治理的组织结构优化设计,应遵循因事设职和管理单项性,将项目管理与项目治理分开,克服工作边界不清、多头领导和管理混乱等问题。A项目工程指挥部未来机构改革中应将项目管理职权和项目治理职权分清,对职权范围内的决策关系和领导关系进行梳理完善,彻底解决多重领导问题。工程指挥部管理模式由于受我国特殊国情的影响,在今后的社会经济发展中将会继续发挥重大作用,仍然是重大市政工程建设采取的主要管理模式。因此,对工程指挥部管理模式的改革应不断推进,将现代项目管理与项目治理理论运用到工程指挥部模式改革中来将是一个需要不断探索的课题。