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棉花黄萎病是一种在世界范围内引起棉花严重减产的土传真菌病害。由于常规防治方法存在种种弊端,根际细菌介导的生物防治正成为备受人们关注的一种有效方法。本试验对棉花黄萎病高效拮抗菌进行了筛选、鉴定,研究了其在盆钵试验中防治棉花黄萎病的效果、在棉花根际土中定殖和对棉花根际土微生物区系的影响,通过PCR的方法对其含有的抗生素合成基因进行了检测,此外还检测了其产细胞壁降解相关酶和挥发性拮抗物质的能力。主要获得了以下结果：(1)筛选到两株革兰氏阳性、产芽孢、贫营养条件下生长速度较快且平板拮抗效果较好的拮抗菌,分别命名为ZJ6、ZJ1。根据生理生化特性和16S rDNA序列分析,菌株ZJ6和ZJ1均鉴定为枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)。(2)拮抗菌与复合有机肥(氨基酸肥料：猪粪堆肥=1：1)混合施用(ANT-ZJ6, ANT-ZJ1)以及由拮抗菌与复合有机肥二次发酵后制成的生物有机肥(BOF-ZJ6, BOF-ZJ1)对棉花黄萎病均有显著的防治作用,发病率降低39.8%～68.1%,病情指数降低56.3%～82.4%。其中ANT-ZJ6和BOF-ZJ6的防治效果达80%左右。与ANT相比,BOF的防治效果更好,特别是BOF-ZJ1比ANT-ZJ1的防治效果提高了20.8%。(3)ZJ6和ZJ1施用后在根际土壤中的数量随着时间的延长而逐渐下降,但拮抗菌与有机肥经过二次发酵可以提高其定殖能力,施用拮抗菌与有机肥经过二次发酵(BOF-ZJ6、BOF-ZJ1)处理,其根际土中的拮抗菌数量是拮抗菌和有机肥没有经过二次发酵处理(ANT-ZJ6、ANT-ZJ1)的28倍、77倍。试验结果也表明,ZJ6的定殖能力强于ZJ1,50 d时,接种ZJ6处理(ANT-ZJ6、BOF-ZJ6)的拮抗菌数量是接种ZJ1处理(ANT-ZJ1、BOF-ZJ1)拮抗菌数量的156倍、56倍。(4)施用拮抗菌能显著抑制土壤中棉花黄萎病病原菌的数量。与CK2相比,接种拮抗菌处理(ANT-ZJ6、BOF-ZJ6、ANT-ZJ1和BOF-ZJ1)的根际土壤中棉花黄萎病病原菌数量下降了86.1%～98.6%。(5)施用拮抗菌能显著改变根际土的微生物种群结构,施用BOF-ZJ6和BOF-ZJ1后,细菌数量分别增加了7.1和8.5倍,放线菌数量分别增加了11.7和32.6倍,而真菌数量分别下降了53.0%和68.2%。(6)ZJ6含有bam、fenB、fenD、ituA、ituB、ituC和ituD基因,它们分别是Bacillomycin, Fengycin和Iturin的生物合成相关基因；ZJ1含有fenB, fenD, sboA和QK基因,它们分别是Fengycin和Subtilisin的生物合成相关基因。ZJ6、ZJ1均检测到β-1,3-葡聚糖酶和挥发性拮抗物质。