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本研究选取多个栽培稻（Oryza sativa L.）抗性基因连锁的BAC克隆作探针,对栽培稻和疣粒野生稻（Oryza granulata）粗线期和有丝分裂染色体进行了比较荧光原位杂交（FISH）。分析了端粒、着丝粒和rDNA重复序列在疣粒野生稻染色体上的分布和细胞学特征。对栽培稻和疣粒野生稻杂交F1进行了基因组荧光原位（GISH）分析。主要结果如下: 用Southern blotting方法分析了分别与Gm-2、Gm-6、Pi-5（t）、Bph3、xa-5、Glh和RTSV基因紧密连锁RFLP标记在栽培稻和疣粒野生稻基因组中的同源性,所有RFLP标记在两物种中都得到了清晰的杂交带,表明疣粒野生稻中存在与抗病基因连锁的RFLP标记的同源系列。 用抗性基因连锁的栽培稻BAC克隆31E20、24E21、4F22、38J9、14E16、44B4和着丝粒探针pRCS2对栽培稻和疣粒稻野生稻进行了比较物理定位。所有BAC克隆在栽培稻和疣粒野生稻间期核、有丝分裂中期染色体和减数分裂粗线期染色体上都检测到杂交信号。其中BAC克隆31E20、24E21、4F22、38J9、14E16定位于栽培稻第4染色体上,杂交信号在粗线期染色体上的FL（fraction length;杂交信号到染色体短臂端距离与染色体总长度的百分比）值分别为65.2±2.72%、59.8±2.13%、46.4±1.72%、16.8±1.13%和5.7±0.72%,第4染色体着丝粒的FL值为17.8±2.45%。相应的BAC克隆在疣粒稻野生稻粗线期染色体上的FL值分别是64.1±2.45%、58.5±1.66%、44.5±2.31%、17.5±1.36%和5.2±0.95%。BAC克隆31E20信号所在的染色体的着丝粒FL值为17.4±1.76%。BAC克隆44B4均定位于栽培稻第5染色体和疣粒野生稻的一个特定染色体短臂的末端。 5个BAC克隆定位的疣粒野生稻染色体与栽培稻第4染色体在形态学上极为相