湖泊富营养化治理的根本是污染控制和生态修复，但湖泊生态系统的恢复是一个漫长的过程。在此期间，开发并应用数值模型，对太湖水质和藻类时空动态进行模拟，分析蓝藻水华控制方案，对于加强湖泊水环境管理和提升藻类水华应急能力具有重要意义。　　本研究以太湖为对象，将湖泊生态模型SALMO与水动力模型SELFE结合，建立了太湖三维水生态模型，模拟了太湖2009～2011年不同风场条件下的太湖流场特征，以及磷酸盐、硝酸盐、溶解氧、浮游动物生物量和三类浮游植物功能群（硅藻、绿藻和蓝藻）生物量的时空动态变化，并通过情景分析研究了藻类生物量与环境因子之间的响应关系，以期为太湖富营养化治理和水华管理提供依据。　　本研究得到的主要结论如下:　　1.开发的三维水生态模型可以较好地模拟太湖不同风场条件下的流场特征。东南风、西北风和东北风等3种主导风场条件下的太湖流场模拟结果与文献中结果基本一致。　　2.开发的三维水生态模型能够用于太湖营养盐、溶解氧、浮游动物和藻类时空动态的模拟。尽管不同站点的模拟效果存在差异，浮游生物峰值模拟结果尚不理想，但是各站点模拟结果与实测结果变化趋势吻合。参数率定不足、参数空间一致性，以及模型部分过程缺失，可能是造成模拟结果不理想的原因。　　3.控制内源磷(P)是减轻太湖富营养化、防治水华的有效手段。情景模拟表明控制内源氮(N)对藻类生物量影响很小，控制内源P可以大幅度减少藻类生物量，生物操控的综合控藻效果并不显著，而全球变暖则对藻类生长有促进作用。