福建省农业科技进步对农业生产发展起了很大的推动作用。但是科技进步贡献率始终没有成为农业生产发展中最重要的推动力,农业发展还主要来自物质资料的大量投入。目前提高农业科技进步贡献的主要办法是加大农业科技创新的人财物投入,而福建省农业科学领域科技经费和人员投入占全省科技经费和人员投入的比重小且出现了递减趋势。因此,必须努力提升农业科技创新效率,研究农业科技创新效率问题。本研究首先根据文献回顾结果与数据可获性,设计农业科技创新的资金投入与人员投入指标、直接产出与间接产出指标；然后收集数据,利用DEA法分别评价福建省2003-2008年的科技创新直接产出效率和间接产出效率；在福建省农业科技创新效率评价结果的基础上,并根据福建省农业发展、科技创新体系运行的实际情况,提出优化农业科技创新效率的政策建议。文章通过理论分析和实证研究,得到的主要结论：2003-2008年间福建省农业科技创新直接效率很高,农业科技创新投入能有效转化为农业科技创新成果产出,同时农业科技进步对福建省农业劳动者生产效率的提高具有重要的促进作用,福建省政府应继续加大对农业科技创新的资金投入与人员投入。本研究分别测算福建省农业科技创新的直接效率和间接效率,以求更为准确地测算农业科技创新效率,在研究内容和思路上具有一定的理论创新意义,丰富和发展该领域的研究成果。