自2003年北京拒马河流域黑鹳(Ciconia nigar)越冬群发现以来,不少学者进行了相关研究并提出了保护方案。然而近五年,拒马河流域旅游发展迅速,保护工作与经济发展冲突明显,却未见种群近况的更新报道。本研究对拒马河流域黑鹳的行为及种群生态进行系统全面的调查。以多种方法相结合的方式,通过对拒马河流域黑鹳的种群数量、种群结构、活动区域选择、取食行为等现状进行调查,辅以GPS卫星定位追踪的方法,对两只成年个体进行追踪调查,分析得到当地黑鹳种群现状及生存发展的限制因素,发现保护工作中存在的问题,提出相应解决办法。给该区域黑鹳保护工作的提供最新的科学依据和理论指导。同时进行黑鹳全基因组高通量测序工作,以得到初步基因组数据,为后续实验分析的展开奠定基础。研究结果如下：(1)该地区黑鹳的数量年度间变化较大,在一年内呈“高-低-高”的变化趋势。10月越冬个体陆续迁入,数量有明显提升。12月迁入基本结束,种数量达到最大值。4月飞来此地越冬的黑鹳已基本迁离。该地区繁殖对少,4-9月繁殖期数量出现低谷。(2)2015年幼体新增率仅有5%。该年度调查范围内未见幼鸟成功出飞。人为干扰可能是造成这种情况的重要原因之一。(3)黑鹳群体偏爱于四渡,五渡,七渡,十渡和下庄高速高架桥附近活动,应作为重点保护区域。越冬期尤其偏爱二渡、八渡、九渡、十渡和十五渡附近区域,应加强管制,适当投食,保证黑鹳正常越冬。(4)黑鹳的食物以鱼类为主。57.2%的食物小于等于1/5喙长。对食物的搜寻和处理时间随食物变大而增长。成年个体与亚成年个体在取食结构上没有明显差异。成年个体平均每小时取食17.58次,亚成年个体每小时取食16.01次,较往年报道略少。(5)人类活动对黑鹳影响严重。人为干扰所造成的黑鹳行为,占所观察行为总数的14.22%。同时当地村民大量捕捞野生鱼类,对黑鹳的取食造成了严重影响。应加强管理,普及爱鸟常识,提高护鸟意识,并尽快建立核心区,将黑鹳与游客隔离。适当投食,保证黑鹳的生存和发展。(6)黑鹳基因组大小为1.2GB,重复序列占3.3%,CG比为42.03%。得到编码基因18083个,注释功能7500种,SSR序列6858条,为后续实验展开奠定了基础。