农业是我国国民经济的基础，是支撑整个国民经济不断发展与进步的保障。然而，目前我国农产品的生产缺乏长期的发展规划、相应的价格预警机制以及完善的产业体系，导致农产品价格波动明显，有损农业生产者与消费者双方的共同利益。因此，本文拟构建一个以农产品供应链为纽带，以虚拟企业为载体，围绕现代农业发展所需要的产前、产中、产后服务的组织结构体系，即农业虚拟企业，旨在将零散的农户加以整合以弱化其暴露的市场风险，并有效带动农产品通过生产、加工、配送等一体化的虚拟企业运作流程实现价值增值，提升生产效益。成本优化管理是农业虚拟企业高效运作的保证。通过加强成本控制与管理，强调成本支出的合理性与必要性，最大限度地降低农产品进入市场的成本，为农业虚拟企业创造更多的经济效益，同时更好地满足市场需求，实现“双赢”。基于此，本文从分析当前国内农产品的“供、产、销”实际情况入手，构建符合当前农业生产实情的供应链式农业虚拟企业，界定其组织结构与成本管理目标。同时在提炼作业成本/作业成本管理工作原理的基础上，分析作业成本管理在农业虚拟企业中应用的必要性与适用性，进而构建基于农业虚拟企业的全面作业成本管理概念模型，服务于虚拟企业战略目标策略设定与执行的全过程。基于全面作业成本管理概念模型设计的农业虚拟企业成本管理系统包涵作业成本计算系统、控制系统与评价系统三大子系统。通过对农业虚拟企业中作业动因的分析，具体细化作业成本法的核算步骤并进行案例模拟，由此构建农业虚拟企业作业成本计算系统；针对在虚拟企业目标成本控制过程中呈现的成本盾问题，引入转移价格概念，并利用计算系统中所得的作业成本计算结果对盟员企业在有外部市场与无外部市场两种情况下分别进行目标成本的设定，从而完成在虚拟企业中构建作业成本控制系统；分析农业虚拟企业作业成本评价系统的设计原理，结合平衡计分卡以及农业虚拟企业的自身特点构建农业虚拟企业作业成本评价系统，设计评价指标、选择评价方法、确立评估流程，并利用yaahp0.5.2进行农业虚拟企业作业成本评价系统的仿真模拟。