阴沟肠杆菌中影响噬菌体复制的相关基因筛选

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阴沟肠杆菌(Enterobacter cloacae,E.cloacae)是引起机体感染的重要机会致病菌,可引起多种严重的感染性疾病,如尿路感染、获得性败血症、骨髓炎等。抗生素的不合理使用甚至滥用,导致临床上分离的多重耐药阴沟肠杆菌数量迅速增加,为临床上控制该细菌感染带来巨大挑战。因此,寻找一类高效且不易诱导耐药性产生的新型抗菌制剂十分迫切。噬菌体(bacteriophage,phage),作为一类细菌病毒,可高效、专一侵袭细菌,导致细菌裂解。噬菌体“自然杀菌”的特性,使其具有成为新型抗菌剂的潜力。然而,关于噬菌体感染阴沟肠杆菌机制的相关研究鲜有报道,本研究旨在筛选阴沟肠杆菌中影响噬菌体复制的相关基因,为深入研究阴沟肠杆菌与噬菌体相互作用提供基础数据,也为开展噬菌体治疗研究提供理论依据。为了分离鉴定阴沟肠杆菌并评估其耐药性,本研究通过血琼脂培养基进行菌落纯化,结合革兰氏染色镜检、生化反应鉴定及PCR鉴定,分离鉴定出一株阴沟肠杆菌E20。利用MLST基因分型方法对E20分型,E20属于ST122型。基于Kirby-Bauer纸片扩散法,对E20耐药性进行评估,结果显示E20对β-内酰胺类(阿莫西林、头孢噻吩、氨苄西林以及头孢西丁),氨基糖苷类(庆大霉素、卡那霉素、链霉素),四环素类(四环素和多西四环素)药物均具有耐药性,对磺胺类药物复方新诺明以及酰胺醇类药物氯霉素等均表现出耐药性。上述结果提示E20为一株多重耐药菌株。为了分离阴沟肠杆菌裂解性噬菌体,本研究利用双层琼脂平板分离法,以多重耐药菌株E20作为宿主菌,分离纯化了一株阴沟肠杆菌噬菌体,命名为vB_Ecop_S523(S523)。经透射电镜(TEM)观察显示,该噬菌体头部直径约为58-59nm,尾部较短,属于短尾噬菌体科。经分析S523为双链DNA噬菌体,对其进行全基因组测序,结果显示,该噬菌体基因组全长为39,825bp,G+C含量48.8%。结合电镜观察及同源进化分析,确定该噬菌体属于T7样噬菌体新成员。为了揭示S523的生物学特征,利用双层琼脂平板法,研究其裂菌谱和理化特性。结果表明,S523可裂解E20、E19(Enterobacter cloacae)以及MC1061、DH5α、BL21(K12,Escherichia coli)等菌株。在理化特性方面,S523的热稳定性较好,在55℃下活性无明显改变;该噬菌体对酸碱条件有较宽的耐受范围,在pH5.0-11.0的环境中均保持良好活性;经测试,氯仿对S523的活性无影响。经测定,S523的最佳感染复数为0.1,由一步生长曲线可知,其潜伏期为5min,裂解量为90 PFU/感染细胞。为了筛选影响噬菌体S523在阴沟肠杆菌中复制的相关宿主基因,本研究以阴沟肠杆菌作为亲本株,通过pUTmini-Tn5转座子质粒构建菌株随机插入突变库,共获取2473株突变菌株。以突变株与噬菌体作用后的浊度变化为标准进行筛选,共筛选得到13株表现出噬菌体抗性的突变株,通过Walking PCR进行失活基因鉴定。同时以双层琼脂平板方法验证突变株对噬菌体感染的敏感性变化,结果表明,编码琥珀酸脱氢酶黄素蛋白亚基(Succinate dehydrogenase flavoprotein subunit,SDHA)的基因失活后,阴沟肠杆菌对噬菌体的敏感性显著降低。对于相关基因在噬菌体感染中的功能及机制,尚待进一步深入研究。
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