DNA序列中串联重复定位的研究

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随着生物学的不断进步和基因组学的长期发展,现代生物学研究早已不再是一门单一的学科,而是融合生物学、数学、化学、通信技术、计算机技术、信息技术等多门学科于一身的交叉、综合性研究领域。生物系统自身的复杂性也为众多领域的分析理论和研究方法提供了其应用于生物学研究的可能性。随着基因工程的不断推进,各大生物信息数据库中所存储的生物大分子数据数量更是呈现指数增长。面对如此海量的信息,进一步深入了解这些信息中所蕴含的更高层次的生物意义成为生物信息学研究中迫切的需求。采用新方法、技术和工具对其进行分析也就成为了探索生物信息数据中奥秘的重要途径。  遗传信息中除了含有类似于信息学中数据类信息的外显子序列和类似于程序类信息的内含子序列以外,还存在着不编码蛋白质,也不被转录成RNA的重复序列。分子遗传标记则因核心序列重复数目的变化而在群体中呈现出遗传多样性。对重复序列的定位是进一步研究非编码区中重复序列起源和功能的基础,在遗传信息研究中具有基础性的作用。  本文以研究DNA序列中串联重复序列为方向,结合生物学、线性代数理论、通信编码理论以及计算机技术进行了一定基础性研究。在总结已有研究成果如DNA序列数值表示方法、矩阵秩原理的基础上,讨论了串联重复序列表象及基因突变对其影响,提出了一种新的基于线性代数中矩阵秩的理论和伽罗华域运算规则的DNA序列串联重复线性定位办法。该方法实现了对串联重复序列的较准确定位,特别对重复次数大于重复周期长度的序列具有较强的敏感性。此外,该定位方法还对基因突变造成的影响具有一定的抗干扰能力。
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