股权分置改革解决了股权流通性分割及其派生问题，使大股东和中小股东有了共同的利益基础，但是没有从根本上改变由于我国上市公司股权集中、“一股独大”导致的格局。股改后，大股东侵害中小股东权益的现象仍然存在。在这一背景下，大股东与中小股东之间的准代理现象及其弊端成为公司治理的主要问题。本文以概念和相关理论为基础，对比分析了股权分置改革前后大股东侵害中小股东权益的渠道变化以及行为模式，在我国公司股权集中模式下，运用委托代理理论分析了大股东与中小股东之间利益冲突，并运用博弈分析方法从成本-收益角度考虑大股东侵害与否的原因，为中小股东权益受侵害的治理问题奠定理论基础。在实证研究分析中，本文选取A股市场2007-2011年上市公司股权协议转让事件为样本，测算大股东侵害程度，并选取净资产收益率、财务杠杆、股权转让比例、转让后第一大股东持股比例、流通股比例以及控制变量企业规模、股权集中度和股权制衡度，建立模型，对各个因素与控制权私有收益水平的影响关系进行回归分析。实证结果发现：大股东对中小股东权益的侵害程度仍然严重；公司净资产收益率和企业规模与控制权私有收益水平存在显著的负相关关系，转让比例和转让后第一大股东持股比例与控制权私有收益水平存在显著地正相关关系，流通股比例与控制权私有收益水平呈显著地负向关系，股权制衡度与控制权私有收益水平负相关，但没有显著性。公司资产负债率与控制权私有收益水平呈不显著的正相关关系。对于如何治理大股东侵害中小股东权益的问题，需要有针对性的建立中小投资者保护机制，包括立法与中小股东权益保护、证券监管与中小股东权益保护、公司治理与中小股东权益保护以及中小股东自我保护。最后，根据公司股权集中模式下的中小股东权益的保护机制分析，提出对策与建议:公司治理层面要注重优化股权结构、完善董事会制度；法律制度和监管层面要注重完善信息披露制度和改变监管方式；同时，不断强化中小股东自我保护意识。