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浅色黄姑鱼和凡纳滨对虾是我国海水养殖的重要种类，具有极高的经济价值。本研究用线粒体16S rRNA基因结合PCR-RFLP技术，对浅色黄姑鱼2个养殖群体的遗传多样性进行了分析，并对石首鱼科种属间的遗传关系进行了探讨；对凡纳滨对虾不同世代7个养殖群体的生长性状和遗传多样性进行了研究。旨在为浅色黄姑鱼和凡纳滨对虾种质资源的保护、合理利用和养殖产业的持续发展提供基础资料，并为后续研究工作打下基础。（1） PCR扩增100个浅色黄姑鱼个体的线粒体16S rRNA基因片段序列，得到大约620 bp的扩增产物。将其中5个个体的扩增产物进行测序和同源比对，得到468bp可供比对分析的片段。比对结果表明，5条序列包括两个单倍型，两个单倍型之间有1个碱基突变。PCR-RFLP分析结果显示，2个群体的100个样品中，98％的个体为一种单倍型，只有2％的个体呈另一种单倍型，表明这2个群体的遗传多样性较低。两个单倍型平均碱基组成为：T 22.0％，C 26.3％，A 29.8％，G 21.9％，GC含量平均为48.2％。与GenBank中石首鱼科7属9种的11条同源序列比对，得到429个比对位点，其中包括69个简约信息位点、55个单突变子和16个插入／缺失位点。聚类分析显示浅色黄姑鱼与黄姑鱼亲缘关系较近，与形态分类相符。（2）对凡纳滨对虾（Litopenaeus vannamei）的海南群体（进口亲虾繁育的第1世代：G1）、山东和饶平群体（G2）、湛江2和湛江3群体（G3）、湛江1和上海群体（G4）共7个养殖群体4个世代1150个个体的生长性状（体长和体重）进行了分析。7个群体的平均体长（范围）分别为14.76（13.25-15.99）、8.46（6.28-10.48）、9.24（4.28-10.70）、7.75（5.13-9.36）、11.38（8.13-14.12）、5.25（3.47-6.83）和7.14（4.14-9.00），变异系数分别为0.04、0.08、0.08、0.09、0.12、0.14、0.14，平均体重（范围）分别为33.41（24.33-39.74）、5.19（1.80-9.68）、6.95（3.18-11.34）、4.62（1.52-9.87）、15.03（6.00-26.96）、1.47（0.48-3.42）、3.29（0.49-6.20），变异系数分别为0.10、0.23、0.21、0.27、0.32、0.39、0.36。体长和体重的变异系数随着繁育世代的增加而增加，其中体重的变异系数每繁殖1代增加10％，其第1代的变异系数与美国选育的亲本群体相同。体长、体重相关与回归分析表明，体长与体重相关极显著（P＜0.01），体长和体重的回归方程为Y=0.01X2.93。表明随着繁育世代的增加，生长性状逐代分化。（3）从21对微卫星引物中筛选出12对有效扩增的引物，对7个群体共280个个体扩增，得到10个多态位点。多态位点比例为83.33％。10个多态位点中，每个位点的等位基因数量在2-15个之间。7个群体的平均遗传偏离指数D为负值，表明杂合子缺失现象的存在。对7个群体，10个多态位点（7×10）进行Hardy-Weinberng平衡检测，共有54个偏离Hardy-Weinberng平衡。对7个群体间的遗传分化水平进行检测，得到近交系数FIS在9个多态位点均为正值，两两群体间的固定指数FST值在0.1489-0.3746之间。FST显著性检验表明，各群体之间的遗传分化极显著（P＜0.01）。分子方差分析结果显示，大部分遗传变异（72.17％）来自于群体内，群体间的遗传变异（27.83％）较小。上述分析表明浅色黄姑鱼2个养殖群体的遗传多样性较低，浅色黄姑鱼和黄姑鱼亲缘关系很近；我国凡纳滨对虾养殖群体的遗传信息量大，遗传多样性水平高，群体内的遗传分化大于群体间的遗传分化，凡纳滨对虾不同世代间遗传变异大，随着繁育世代的增加，生长性状发生分离，遗传多样性降低。