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为明确番茄(Solanum lycopersicum L.)种带微生物群落结构及其来源,以“中杂302”为材料,利用高通量测序法分析了种带细菌和真菌群落结构,并与栽培土壤和番茄各组织的微生物群落进行比较分析。在此基础上,进一步研究了常温大气压等离子体(Atmospheric Pressure Room-temperature Plasma,APRTP)对番茄种带细菌的杀灭效果。主要结果如下:1.番茄种带细菌来自13个门,62个属,其中变形菌门的肠杆菌属(Enterobacter,37.58%)、不动杆菌属(Acinetobacter,4.51%)、厚壁菌门的魏斯氏属(Weissella,36.27%)以及拟杆菌门的拟杆菌属(Bacteroides,3.66%)为优势菌属。番茄种带真菌来自2个门,15个目,首要优势菌门为子囊菌门(Ascomycota,81.85%),其次为担子菌门(Basidiomycota,18.15%);在目分类水平上,子囊菌门的煤炱目(Capnodiales,37.13%)、酵母菌目(Saccharomycetales,10.64%)、粪壳菌目(Sordariales,10.06%)以及担子菌门的马拉色菌目(Malasseziales,13.64%)为优势菌。2.比较分析栽培土壤、组织及种带细菌的数量和群落结构。土壤细菌数量最多,组织附生次之,组织内生最少。DGGE分析表明各组织内生细菌间的相似度较高,尤其是根、茎和叶片以及种子、胎座和胶状物等相邻组织内生细菌间的相似度达到0.6以上。高通量测序结果表明:土壤细菌主要来自变形菌门(Proteobacteria,57.62%)、放线菌门(Actinobacteria,14.63%)和绿弯菌门(Chloroflexi,9.83%);茎、叶组织细菌以变形菌门(>99%)为主;果实内生细菌以变形菌门(71.01%)和厚壁菌门(22.76%)为主;种带细菌主要分布于变形菌门(64.73%)、厚壁菌门(15.59%)和拟杆菌门(Bacteroidetes,10.71%)。OTU聚类显示,土壤、组织附生、组织内生与种子共有OTU分别占种子OTU总数的76.27%、74.58%和71.19%,种子独有OTU仅占10.17%。表明,番茄种带细菌主要来源于土壤和组织细菌。3.土壤和组织真菌群落丰富度和多样性表现为:土壤>茎、叶附生>组织内生;子囊菌门(Ascomycota)为第一优势菌门,不同部位真菌群落结构存在差异:土壤真菌主要来自粪壳菌目(Sordariales,39.90%)和小囊菌目(Microascales,9.55%);茎、叶组织附生真菌以煤炱目(Capnodiales,31.89%)、粪壳菌目(21.84%)、酵母菌目(Saccharomycetales,18.44%)和格孢腔菌目(Pleosporales,8.98%)为主;组织内生真菌以煤炱目(31.83%)、粪壳菌目(10.13%)、散囊菌目(Eurotiales,10.61%)、格孢腔菌目(9.91%),以及担子菌门的马拉色菌目(Malasseziales,10.94%)为主;种带真菌以煤炱目(62.21%)和散囊菌目(11.75%)为优势菌。OTU聚类显示,土壤、组织附生、组织内生与种子共有OTU均占种子OTU数量的100%。表明,番茄种带真菌来源于土壤和组织真菌。4.APRTP对番茄种子进行处理,5~30 min内,灭菌率随处理时间延长逐渐升高,处理25 min时灭菌率达99%以上。番茄种子接种细菌性溃疡病致病菌(Clavibacter michiganensis subsp.michiganensis,Cmm)后,APRTP处理25 min,可有效杀灭99.84%的Cmm菌。进一步对种子活力测定发现,APRTP处理可显著提高番茄种子活力,并能加快种子萌发速率。