日本历来是我国重要的农产品出口贸易国，在2006年日本实施肯定列表制度以前，对日农产品出口额占我国农产品总出口额的30%，国内38%的农产品出口企业的主要国际市场亦是日本市场。因此，对于日本肯定列表制度的影响及应对政策研究具有重大的意义。文章在对日本肯定列表制度内容和实质等方面进行全面解析的基础上，分析了该贸易壁垒对我国农产品出口贸易的影响以及我国现行的应对政策，并深入的实证研究了这些应对政策的效果，最后，在此基础上提出了我国应对日本肯定列表制度的改进政策建议。日本肯定列表制度实质上是限制国外农产品进口的技术性贸易壁垒，通过相关数据比较也发现，在短期内，该制度会对我国农产品的出口数量、出口价格、产品竞争力及贸易条件等造成较大影响，这种影响机制是通过检测标准与我国出口农产品的生产技术和检测技术的差距来实现的。相应地，我国也对日本肯定列表制度的实施了相关应对政策，通过这些政策的时间分布和相互关系，综合“前-后”对比分析法和计量经济模型中的虚拟变量模型即“有-无”的对比方法，选取2002-2010年的时间序列数据分析，表明相关应对政策具有明显的效果：出口企业集中度提高，农产品企业数量下降，使得农产品对日出口价格指数在短暂的下降后速度回升并超过了以前的水平；依赖于政府的政策，农产品出口企业在应对肯定列表制度中不断提升农产品质量，淘汰技术及管理落后的农产品出口企业，使得农产品出口企业增长优势凸显，说明农产品竞争力在回升。但是，从市场占有率来看，我国的应对政策虽然在一定程度上抑制了市场占有率的下跌，但成效不是很明显，仍然无法恢复至2006年以前的水平。基于实证分析并结合我国遭遇肯定列表制度等技术贸易壁垒的原因，本文从政府、行业和企业三方面提出对策改进建议，政府层面应促进农产品生产企业规模扩大，行业协会方面重视农产品出口企业价值链管理，农产品出口企业提高农产品产品层次，注重品牌营销。并对对策改进建议进行了经济学的理论机制分析，使得改进对策有理有据。