城市群创新网络的研究对于实现我国城市群经济转型发展、建设创新型城市和推动新型城镇化等均具有重要的现实意义。本文以长三角、珠三角、京津冀城市群为空间范畴,基于创新联系数据,从整体、局部及自我网络层次,分析了单个城市群创新网络及其加总网络的空间格局与演化特征。然后,运用QAP多元回归方法,考察了邻近距离属性矩阵对创新网络结构矩阵的作用关系。最后,以三大城市群48个城市间的创新联系流为个体,融入属性特征、邻近性动力与网络效应因素,构建基于面板计数数据的双边互动负二项回归模型,以此来探究创新网络空间结构与特征演变的动力机制。结果表明:(1)各创新网络均不同程度地表现出向稠密化“小世界”网络发展的趋势,并呈长尾分布特征。中心城市层级结构趋于复杂,整体网络从由极少数核心城市主导的单一结构向层级鲜明的多中心结构发展。中心城市自我网络则向复杂有序的无标度网络转化。(2)经调整后的制度邻近因素在单个城市群创新网络的演化进程中均发挥着显著的正向推动作用。长三角创新网络中,地理邻近所发挥的作用仍然不可忽视,并有不断增强的趋势。同时认知邻近的正向推动作用也越来越明显,而技术邻近的表现并不稳定。珠三角创新网络中,地理、技术、认知邻近因素均只在一个时段表现出显著的负向影响。京津冀创新网络中,除制度邻近因素外,其他邻近维度均未有显著表现。(3)空间距离对技术创新合作具有负向影响,边界相邻效应发挥着正向促进作用。认知邻近、技术邻近分别与创新联系流之间呈现出正“U”型和倒“U”型关系。网络效应与制度邻近同样表现出了正向推动作用。与个体特征相比,网络结构特点的影响效应更强。网络特征相似度与空间距离、认知邻近的交互项对城际创新合作关系具有显著的正向强化作用。网络结构相似度与邻近动力的交互项则未表现出明显的正向影响。文章据此总结了研究的意义与不足,并提出了加强网络整体、局部、节点层面优化建设,视地域情况提升城市间不同维度邻近水平等政策措施。