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本研究对源于中国药品生物制品检定所的50种80株标准菌株分别进行PCR扩增，得到他们的16S-23S rDNA转录间隔区序列(ITS)大约200-300bp大小的片段，对PCR扩增产物测序，可以得到该段基因的序列。用核酸序列分析软件对所获得的序列与GeneBank的分枝杆菌序列相互比较，并用序列构建分枝杆菌菌株序列的数据库，并依据序列的相似程度构建序列的系统发育树，以便临床能对分离的菌株以此为参考标准，进行参考比对，能对分枝杆菌进行种的分类和鉴定提供依据。
由于16S-23S rDNA ITS具有较高的多态性，因此是鉴定分枝杆菌密切相关种和种内不同菌株型理想的靶基因。通过对80株标准菌株16S-23S rDNA转录间隔区序列(ITS)相似性分析显示，胃分枝杆菌与堪萨斯分枝杆菌、马尔摩分枝杆菌与苏加分枝杆菌16S-23S rDNA ITS的相似性分别为为20.9％和31.7％，灰尘分枝杆菌和产鼻疽分枝杆菌相同。在本试验中对12株不同耻垢分枝杆菌菌株、7株偶然分枝杆菌菌株、6株堪萨斯分枝杆菌菌株进行序列比对发现，耻垢分枝杆菌93388、93423、93424、93427这四株之间的相似性都高于99.5％，趋异性为0.0；偶然分枝杆菌个菌株间相似性为23.0-46.0％，趋异性在102.8-350.0之间；堪萨斯分枝杆菌93451，93452两株其相似性为99.4％，趋异性为0.0。同种的高水平的序列相似性以及低水平的序列趋异性结果表明，可以认为这些菌株可能是同一种或是它们的亚种分枝杆菌。研究表明，依据分枝杆菌属特异性序列设计引物对分枝杆菌菌株的16S-23S rDNAITS进行扩增，可以排除分枝杆菌以外细菌的污染；分枝杆菌16S-23S rDNA IT序列具有种间多态，种内保守的特征，16S-23S rDNA IT序列分析是相近菌种的很好的鉴定方法。PCR扩增的分枝杆菌16S-23S rDNA ITS片段长度大约为400-500bp左右，仅需一次测序即可获全序列，使序列分析成本大为减低。并且PCR和测序可以在1-2天内完成，因此能极大地缩短分枝杆菌鉴定时间。因此，估计在不久的将来，核酸扩增．测序方法将取代传统的分枝杆菌鉴定方法。从本项研究结果表明，16S-23S rDNA ITS序列分析可以作为16S rDNA不能鉴定的相近菌种的一种有效补充。并且可以根据16S-23rRNA基因序列具有种间多态，种内保守的特点可用于设计分枝杆菌种、属特异性PCR引物和快速鉴定分枝杆菌的杂交探针。