乌鳢(Channa argus)和斑鳢（Channa maculata）为中国重要的淡水经济鱼类，乌鳢的雄性比雌性生长快，同龄商品规格的成鱼，雄性平均体重超过雌性的30％。在养殖实践中，人们发现普通杂交鳢——斑乌鳢（斑鳢♀×乌鳢♂）的雌、雄个体生长速度差异很大，成鱼中雄性平均体重超过雌性的2倍;最新培育出的杂交新品种——乌斑鳢(乌鳢♀×斑鳢♂）抗寒能力明显提高，能在北方地区冰封池塘越冬养殖。培育具有生长优势的全雄杂交鳢（斑乌鳢和乌斑鳢），将大大提高单位面积的养殖产量，降低养殖成本，提高养殖效益。然而，传统的单性育种存在研发周期漫长、工作量巨大以及性状不稳定等缺点，限制了其在生产上的应用。发掘乌鳢和斑鳢的性别特异分子标记，对于全雄杂交鳢的培育具有重要意义。　　目前关于鳢科鱼类性染色体的研究很少，仅见少量染色体核型分析，未见其异形性染色体的报道。在乌鳢性别特异分子标记筛选方面有研究者进行过尝试，但都没有获得成功。因此，在乌鳢和斑鳢中发掘稳定、普适的性别特异分子标记是一项有待深入的研究课题。　　本研究报道了一种基于二代测序(Next Generation Sequencing，NGS)数据发掘鱼类性别特异分子标记的方法，以XX/XY性别决定类型的乌鳢为研究对象，利用雌、雄性个体和雌性群体混合池基因组的NGS数据，运用生物信息学分析方法，从基因组中解析出性染色体中的显著差异序列，建立了一种简单、高效的性别分子标记筛选方法。主要研究结果如下:　　1.对乌鳢的一尾雌性个体、一尾雄性个体和一个雌性群体混合池DNA进行NGS，采取三个基本步骤发掘乌鳢遗传性别的分子标记。第一步是差减杂交，雄性个体的测序reads与组装的雌性基因组参考序列进行比对，减去雌、雄性个体基因组中共有部分，保留雄性个体特有部分，并进行片段组装，生成雄性个体特异的contigs;第二步是靶标富集，将第一步生成的雄性个体特异contigs，与雌性群体混合池测序reads进行比对，剔除能与雌性群体混合池测序reads比对上的contigs，保留下来的contigs即为候选Y染色体特异片段，通过后续群体水平的PCR检测，即可获得Y染色体特异片段;第三步是同源克隆，将验证的Y染色体特异片段与雄性个体测序reads进行比对，利用测序reads的成对性特征，获得片段两端的外侧序列，以外侧序列为参考，与雌性个体测序reads进行比对，获得雌、雄性保守序列，根据保守序列设计PCR引物，经PCR扩增获得X染色体上的同源序列。　　2.通过生物信息学分析，获得515，091条乌鳢雄性个体特异contigs，经雌性群体混合池剔除假阳性，从中筛选到候选Y染色体特异片段196条，根据特异片段序列设计PCR引物，进行引物筛选工作。筛选原则为:将只在雄性DNA中有扩增条带，或在雌、雄性DNA中扩增出差异条带的引物保留。首先以雌、雄群体混合池DNA（雌、雄各96尾）进行引物筛选，获得15对候选引物;接下来分别对12尾雌、雄性乌鳢DNA进行个体筛选，获得3对候选引物;最后用这3对候选引物分别对96尾雌、雄性乌鳢DNA进行个体验证，最后获得3条乌鳢Y染色体特异DNA片段:Contig-275834、Contig-359642和Contig-418354。通过生物信息分析和同源克隆的办法，获得了Contig-275834在X染色体上的同源片段，根据两者的插入/缺失差异，设计了可以从PCR产物条带上区分乌鳢遗传性别的引物对(275834X/Y-F和275834X/Y-R)，建立了乌鳢遗传性别PCR鉴定方法。　　3.对斑鳢一尾雌鱼和一尾雄鱼DNA进行NGS。由于斑鳢和乌鳢为近源物种，以196条乌鳢候选Y染色体特异片段为参考序列，斑鳢雌、雄性测序reads与之进行序列比对，结合比对统计结果、IGV视图和PCR验证结果，筛选出斑鳢Y染色体特异片段。并通过寻找该片段外侧X和Y染色体上的保守序列，获得其在X染色体上的同源片段。基于此，设计可以区分斑鳢XX雌性、XY雄性和YY超雄性个体的PCR引物组合。　　4.在乌鳢的研究基础上，结合生物信息分析，获得了一条斑鳢Y染色体特异DNA片段:B-418354-Y，并获得其在X染色体上的同源片段:B-418354-X，设计了可以区分斑鳢遗传性别的引物组合(B-418354-F、B-418354-R和B-418354-X/Y-R)，建立了斑鳢遗传性别的PCR鉴定方法。　　乌鳢和斑鳢遗传性别PCR鉴定方法的建立为全雄杂交鳢培育提供技术支持。本研究方法具有广适性，不仅在鳢科鱼类的单性育种中具有重要的应用价值，在其它雌雄异体鱼类的单性育种中也具有广泛的应用前景。　　草鱼（Ctenopharyngodon idellus）是中国一种的重要经济鱼类，然而由草鱼呼肠孤病毒（Grass Carp Reovirus，GCRV）引起的草鱼出血病严重困扰着草鱼养殖业的发展。先天性免疫反应是机体抵抗细菌或病毒侵染的第一道屏障，大量研究表明MARCH(Membrane Associated RING-CH family of E3ligase)家族和免疫调控存在密切关系，因此，MARCH家族成员也被称为免疫识别调控分子(MIR)。目前关于MARCH家族在硬骨鱼类的研究特别少，为了阐明MARCH家族在草鱼先天性免疫反应中发挥的作用，克隆了草鱼MARCH基因家族，并对它们的功能进行了初步研究，主要研究结果如下:　　1.克隆了草鱼MARCH家族的八个基因:MARCH1、MARCH2、MARCH5、MARCH6、MARCH7、MARCH8、MARCH9和MARCH11;对其蛋白结构域进行预测分析，发现它们都具有典型的RING-CH(C4HC3)结构域;并将草鱼MARCH家族的蛋白分别与其他物种的MARCH家族蛋白进行同源性比对分析，研究其进化机制。　　2.运用荧光定量PCR(qRT-PCR)技术对草鱼MARCH家族的八个基因在草鱼九个不同组织的表达模式进行分析，发现八个基因在检测的九个草鱼组织中均有表达，但相对表达水平有差异。　　3.采用GCRV-GD108毒株对草鱼进行人工感染后，对草鱼MARCH家族的八个基因在草鱼主要免疫器官鳃、肝、脾和肠组织中的表达模式进行分析，发现MARCH1和MARCH8基因对GCRV响应强烈，特别是在肝和肠组织中。　　4.结合组织表达和对GCRV感染的响应情况，对草鱼MARCH8基因进行重点研究，对其直接调控的IL-1receptor accessory protein（IL1RAP）、the major histocompatibility complex classⅡ(MHCⅡ)和transferrin receptor(TfR)，以及通过IL1RAP调控的mitogen-activated protein kinase(MAPK)信号通路的效应分子early growth response1(EGR1)和dual specificity phosphatase1(DUSP1)在肠组织中mRNA变化情况进行研究，发现草鱼MARCH8对IL1RAP、TfR、EGR1和DUSP1具有负调控作用。　　我们的研究初步探讨了MARCH家族在GCRV病毒感染引发的草鱼先天性免疫中发挥作用，有助于草鱼病毒免疫机制的进一步研究。