独立学院是我国高等教育体制改革中出现的一种新的办学模式,是中国高等教育大众化进程中一种新的制度创新。独立学院在短短十年的时间里发展迅速,呈现蓬勃发展之势。教育部2008年4月1日正式实施《独立学院设置与管理办法》(教育部26号令),更加强调独立学院在法律和制度上的独立地位,进一步明确独立学院的民办属性,促进独立学院管理体制和运行机制改革创新。26号令的出台,昭示了独立学院规模扩张的年代已经结束,独立学院进入一个关键的制度变迁时期。大学法人治理结构是现代大学制度的核心。在独立学院进入规范管理、提高质量的阶段,其治理结构的构建和完善更显得十分关键,研究治理问题也更显得重要和迫切。独立学院法人治理结构是在坚持教育公益性的前提下,以独立学院产权制度安排为核心,对举办高校、投资方以及独立学院自身等利益相关者的权利分配与制衡所作的一套制度安排。治理目标、产权制度、治理机制和利益相关者问题构成独立学院治理结构的基本框架。在独立学院创立初期,没有现成的经验可供借鉴,独立学院与投资方通过签订的办学协议及办学章程来相互制约。办学章程是其法人治理结构最初设计的最好体现,从中反映出我国独立学院最初的制度设计存在先天缺陷。首先,最初的制度设计中,独立学院法人治理目标是朝着寻求各自利益分配的方向,凸显了资本的逐利性。其次,产权机制设计不合理,对于举办高校所提供的无形资产如何核定其价值?举办高校投入的无形资产与投资方投入的有形资产如何量化成独立学院的总资本?等等问题均不明确。最后,独立学院独立法人地位不明确。最初的制度设计只是谈及了公办高校与投资方两方,而忽视了独立学院这样一个重要的独立办学实体。目前,我国的独立学院按照投资与合作方式分类,主要包括“校中校”模式和“公办高校+投资方”模式两大类型。他们的办学模式不同,各自面临的现实问题也是不同的。对于“校中校”模式的独立学院,,独立学院成为举办高校的附属部门,其产权机构单一,法人财产和法人权力容易受到母体高校的侵蚀。对于“公办高校+投资方”模式的独立学院,存在两大问题：首先,社会投资方在学校产权结构中占主导地位,获得学校声誉索取权与剩余控制权的主导地位,从而获得对独立学院的控制权。其次,独立学院的内部决策机制不合理,即董事会成员结构不合理,董事会决策不民主。无论是哪种模式的独立学院,面对26号令,其法人治理结构的完善刻不容缓。构建独立学院法人治理结构的基本准则是：独立学院合理的法人治理结构应当体现教育的公益性；独立学院合理的法人治理结构应当适合独立学院的办学模式；独立学院合理的法人治理结构应当有利于独立学院的持续健康发展。此外,为了使独立学院步入健康、持续发展的轨道,必须依靠强有力的制度支撑。而持续、强有力的制度供给,无论如何设计,都必须结合独立学院自身的特点。关键要注意三个问题：正视“校中校”模式的客观存在问题；正视投资办学和捐资办学的差异；正视资本的寻利性和教育的公益性的矛盾。