乳酸菌因其长期的安全使用历史广泛应用于食品当中,然而乳酸菌中携带耐药基因存在耐药基因转移风险,具有食品安全隐患,由于四环素耐药基因通常位于可移动遗传元件上具有较大的水平转移风险,故应重点关注。尽管国际上已有对乳酸菌耐药性进行评价的标准体系,但不同种乳酸菌对同种抗生素的耐药性并不相同,现仍有许多种乳酸菌并没有种特异性的折点值,且目前许多具有耐药表型的乳酸菌其耐药机制尚不明确。基于上述问题,本课题对来自中国各地不同来源的乳酸菌进行四环素耐药性分析,基于比较基因组学方法鉴定菌株中的耐药基因并与其耐药表型进行关联分析,对于具有耐药表型但未关联到已知耐药基因的菌株,最后通过转录组学技术以及基因过表达技术对它们潜在的四环素抗性基因进行挖掘及验证。主要结果如下:（1）建立乳酸菌种水平四环素耐药性数据库。测定8种共477株乳酸菌对四环素的最小抑制浓度（Minimum Inhibitory Concentration,MIC）,通过比较它们的MIC分布范围、涵盖稀释度个数、模式MIC、MIC50和MIC90分析不同种乳酸菌对四环素的耐药性,结果表明,不同种乳酸菌的MIC分布存在显著的种间差异。根据国际标准制定的折点值判定乳酸菌的耐药表型并统计8种乳酸菌的耐药率,其中副干酪乳杆菌和鼠李糖乳杆菌对四环素耐药率最低,约氏乳杆菌和卷曲乳杆菌对四环素耐药率最高,相较于其他乳酸菌,没有种水平折点值的乳酸菌均表现出较高比例的四环素耐药性。（2）制定格氏/副格氏乳杆菌、卷曲乳杆菌和约氏乳杆菌对四环素的种特异性初始微生物折点值（Tentative Microbiological Cut-off Values,TMCOFFs）。为了更好地区分无种水平折点值乳酸菌的敏感菌株与获得性抗性菌株,本文基于上述乳酸菌对四环素的MIC分布频数数据,采用两种统计学方法和目测法共三种方法对这些乳酸菌的种特异性TMCOFFs进行了制定,种特异性TMCOFFs最终定义为三种方法制定的折点值的中值,种特异性TMCOFFs比欧洲食品安全局根据它们发酵类型制定的折点值高,且后续的基因型-表型关联结果也验证了新制定的种特异性TMCOFFs的准确性。（3）基因型-表型关联分析挖掘乳酸菌四环素耐药机制。为进一步挖掘乳酸菌四环素耐药机制,通过比较基因组学方法对477株乳酸菌的四环素耐药基因进行鉴定,将耐药基因的有无与耐药表型进行关联以挖掘介导抗性的关键基因,并对四环素抗性基因在乳酸菌中的分布及基因的系统进化关系进行了探究。研究发现,乳酸菌中四环素耐药表型与基因型间的相关性较高,基因tet（M）、tet（W/N/W）、tet（L）、tet（S）和tet（45）是介导乳酸菌四环素抗性表型的关键基因,其中tet（M）和tet（W/N/W）介导大多数乳酸菌对四环素的抗性。系统进化分析表明,乳酸菌中的tet（M）和tet（W/N/W）基因序列具有较高的种内同源性和种间变异性。（4）编码外排泵蛋白的yjc A和ABC-SBP基因可介导乳酸菌对四环素的抗性。为探究具有耐药表型无已知耐药基因的菌株的四环素抗性机制,利用转录组学技术挖掘它们的抗性基础,结果表明菌株可通过降低自身代谢、增加核糖体蛋白质合成、提高翻译水平、利用ABC外排泵等途径对四环素产生抗性。过表达疑似的耐药基因,验证了编码外排泵蛋白的yjc A基因可介导副干酪乳杆菌和鼠李糖乳杆菌对四环素的抗性表型,编码外排泵蛋白的ABC-SBP基因可介导植物乳杆菌和罗伊氏乳杆菌对四环素的抗性表型。