企业资本结构问题是当代经济学研究领域和现代企业管理都及其关注的重要研究内容。创业板上市公司是否能够恰当的选择企业的资本结构对公司绩效有着重要的影响。创业板市场的上市公司规模通常小于主板和中小板市场的上市公司,但是二者的市场定位有明显差异。创业板市场更加注重企业经营的“高技术、高潜能”,拥有新的经营方式、新的服务标准、新的技术水平、新的能源运用和新的经营模式。由于各国对资本结构理论的认识有所不同,且经济制度的存在差异性,因此各国企业资本结构的组成与筹资方式的选择上存在一定的差异。基于以上差异,本文以我国在创业板市场上市的公司为研究对象,对公司资本结构对公司绩效的影响进行实证研究。为企业选择合理筹集资金的方式,提高公司的价值提供可靠的理论依据。本文在现有的研究理论成果的基础上,从理论和实证两个层面探讨我国创业板上市公司的资本结构对公司经营绩效的影响。模型设计部分,选取2012-2014年168家符合条件的创业板上市公司的截面数据为研究样本,选取可代表企业经营绩效的12项指标,对其进行因子分析,归类为反映企业业绩的四大公共因子。在实证研究中,运用相关性分析和多元回归分析的实证研究方法,使用SPSS统计分析软件,对创业板上市公司的资本结构与因子分析中得出的可代表公司绩效的因子得分进行回归分析。研究结果表明:我国创业板的上市公司的资产负债率与公司绩效有明显的负相关关系;短期有息负债率和长期负债率与公司绩效没有显著的相关;商业信用率有公司绩效负相关,银行贷款率与公司绩效没有显著的相关关系;股权融资比率与经营绩效呈显著的正相关关系;内部融资比率与公司绩效显著正相关。企业应当首先选择内部融资方式,其次是股权融资,最后采取债务融资,这与优序融资理论的结论不一致。我国创业板上市公司应该加大内部融资比例,以促使企业更好的发展。