农业剩余劳动力转移是工业化、现代化的必然结果。但是由于受到城乡分割、城市偏向的城乡二元制度的阻隔,中国农业剩余劳动力在向城镇转移过程中呈现出与西方发达国家截然不同的现象,即中国农业剩余劳动力转移不是一次性完成的,而是先由农民到农民工,再由农民工到市民。中国独特的农业剩余劳动力转移之路造成了规模庞大的农民工群体和日益严峻的农民工问题。从倍受社会瞩目的“民工潮”到“民工荒”,都反映了农民工问题在社会经济中的重要性。解决农民工问题的基本思路和途径也不外乎三个方面：市民化、回流与返乡创业、改善农民工待遇和生存状况。在这三个基本思路和途径中,后两个都无法从根本上解决农民工问题,也不符合劳动力转移和城市化的规律,而市民化则既能从根本上解决农民工问题,又符合劳动力转移和城市化的规律,因而才是解决农民工问题的根本途径。本文主要针对理论界对农民工市民化制度研究的不足,通过对中国独特的农业剩余劳动力转移过程和农民工问题的考察,将造成农民工问题的主要原因和农民工市民化的主要障碍明确地归结为城乡二元制度,分别从整体层面和子制度层面对城乡二元制度进行了全面系统的研究,理清了城乡二元制度及主要子制度的变迁历程,并运用成本收益理论、门槛理论从理论上和实证上分析了城乡二元制度对农民工市民化意愿、市民化能力和市民化进程的影响,探讨了基于农民工市民化的城乡二元制度及其子制度创新的重点、难点和具体的制度安排,以及制度创新过程中的可能冲突与协调。全文分为五个部分,共计九章。第一部分是绪论,即第一章,指出了本文的研究背景和意义,重点是从三个层次,即关于农业剩余劳动力迁移问题的研究、关于中国农民工问题的一般研究,以及关于农民工市民化问题的专门研究,进行文献综述,阐述了国内外的研究现状和不足,从而明确了本文研究的主要目的和方法、研究的思路和基本框架、以及主要创新和不足。第二部分是总论,即第二章,主要研究了中国农业剩余劳动力转移的主要动因以及中国农业剩余劳动力大规模转移的特殊原因,将农民工产生的主要原因归结为城乡二元制度；分析了农民工的本质属性和基本特征,总结了农民工的生存状态；将解决农民工问题的基本思路归结为三个方面：市民化、回流与返乡创业、改善农民工待遇和生存状况,提出农民工市民化是解决农民工问题的根本途径；分析了农民工市民化的主要障碍和社会经济条件,特别指出了城乡二元制度是农民工市民化的最主要的障碍和城乡二元制度创新对农民工市民化的重要意义。第三部分是从整体制度层面分析城乡二元制度对农民工市民化的影响和制度创新,包括第三章和第四章。其中第三章在对城乡二元制度的形成、基本特征和制度演进分析的基础上,分别基于成本收益理论、门槛理论,从理论上分析了城乡二元制度对农民工市民化意愿、市民化能力的影响,建立了双重约束下的农民工市民化模型,并利用调查数据对城乡二元制度对市民化意愿、市民化能力和整个市民化进程的影响进行了实证研究。第四章是在第三章的基础上,在新制度经济学分析框架下对城乡二元制度创新的主体、动力和条件、影响因素进行了理论上的分析,并探讨了以农民工市民化为目的的城乡二元制度创新的基本思路、具体的阶段性的制度安排和配套措施。第四部分是从子制度层面分析城乡二元制度的各项子制度对农民工市民化的影响和制度创新,包括第五章到第八章。分别回顾和总结了城乡二元户籍制度、二元土地制度、二元就业制度、二元社会保障制度的形成和演进,分析了这些制度对农民工市民化的影响,以及制度创新的原则、思路和政策选择。第五部分是制度创新过程中城乡二元制度内部子制度之间的冲突与协调,即第九章。主要是在制度关联理论和制度风险理论的基础上,分析了城乡二元制度内部子制度之间的制度关联、制度冲突的形成原因和主要表现,探讨了协调制度冲突的基本思路和策略选择。