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集约化养殖迅速推动了我国家禽养殖业的快速发展。但随着养殖规模的不断扩大,新品种的不断引进,同时饲养水平和疫病防治能力跟不上产能发展,导致禽病的种类不断增加,成为威胁我国家禽养殖业健康发展的重要阻碍。现今对我国养禽业造成危害的疾病高达80多种,涉及呼吸道传染病,免疫抑制病,寄生虫病,营养代谢病和中毒性疾病,其中以呼吸道传染病危害最大。鸡支气管堵塞是一种多病因引起的呼吸道传染性疾病,是引发家禽死亡率增高的一个重要原因。通过流行病学调查,近年来该病影响范围广,且暂无有效防治方法,对家禽养殖业造成巨大经济损失。为了更全面了解鸡支气管堵塞,我们调查和分析了 2011-2020年规模化养殖场鸡支气管堵塞发病原因、发病规律及相关病原分子流行特征,同时建立动物模型来观察其临床症状、病理变化、发病率和死亡率,以期为该病的防控提供参考和依据。1.2011-2020年华东地区肉鸡支气管堵塞病原学调查近年来,肉鸡支气管堵塞在国内商品肉鸡中广泛流行。该疾病对所有日龄的鸡群均易感,发病率较高,对家禽养殖业造成了巨大的经济损失。该病发生的原因包括鸡群自身的生理特性、环境因素及病原体感染等诸多因素,其中病原体感染是最重要的因素。为进一步明确近年来华东地区引发肉鸡支气管堵塞的病原及其分布规律,本研究对2011-2020年间在华东地区采集的具有肉鸡支气管堵塞症状的3203份病料样品进行了 H9、H7和鸡传染性支气管炎病毒（IBV）RT-PCR检测及统计分析。RT-PCR检测结果显示,其中只检测到一种病原核酸的阳性率分别为H9禽流感病毒核酸阳性451例（14%）、H7核酸阳性336例（10.5%）、IBV核酸阳性197例（6.2%）,检测到两种病原阳性分别为H9和IBV共感染313例（9.8%）、H7和IBV共感染45例（1.5%）;且发现病料中IBV及其与H9的共感染的比例近年呈逐渐上升趋势。这些检测结果表明低致病性禽流感病毒和IBV单独感染或共感染是导致当前肉鸡发生支气管堵塞的重要原因。2.肉鸡支气管堵塞主要病原分子流行病学分析为获得引发肉鸡支气管堵塞主要病原在华东地区的流行病学数据,我们对第一章中RT-PCR检测阳性的H9亚型AIV和IBV样品,通过SPF鸡胚进行病毒分离,获得764份H9亚型AIV阳性样品和40份IBV阳性样品。H9亚型AIV阳性率为23.85%,阳性样品主要来源于华东地区的江苏、山东、安徽和浙江等地。挑选63株H9阳性毒株进行遗传进化分析,结果显示,2011年以来,H9亚型AIV HA基因遗传相对稳定,63个分离株的HA基因均由A/Duck/HongKong/Y280/97演化而来,聚类于clade 15,并分成4个Group;7个分离自江苏的毒株属于新增的Group 4。部分生物学特性相关的关键氨基酸位点发生变异,62株（62/63）病毒的HA蛋白发生Q226L突变。近几年（2018-2020年）的分离株多数具有增强人源受体结合能力的分子标记,191N及198T/V。这些结果表明分离自2011-2020年华东地区肉鸡支气管堵塞样品中的H9病毒HA基因虽然起源相同,但多个可能影响其生物学特性的关键氨基酸位点已经发生了突变。对40株IBV的S1基因进行了基因分型和氨基酸位点比对分析。基因分型发现有33株分离株属于GI-19型,3株分离株属于GI-1型,1株属于GI-13型以及3株属于GVI型。值得注意的是,进一步的比对分析发现,属于GI-19基因型的XUZHOU20715分离株与其他32株GI-19基因型分离株同源性只有72.6%-87.6%,在S1蛋白70位处有7个氨基酸的插入,在79位有一个氨基酸的插入,在23位及127位均有2个氨基酸的缺失。利用MEGA-X软件对3株GVI型分离株和参考株TC07-2的S1蛋白进行比对分析,发现这3株IBV在RBD区域均有多个氨基酸突变。以上分析结果表明,近年来华东地区肉鸡支气管堵塞样品中IBV主要流行毒株基因型为GI中的G1-19基因型（QX型）,其次为GVI基因型,且发现G1-19基因型中存在基因组显著变异毒株。这些研究发现为进一步有效开展华东地区IBV及肉鸡支气管堵塞的免疫防控提供了分子流行病学数据及科学指导。3.支气管堵塞实验室动物模型的建立为了科学确定支气管堵塞的主要病原,我们通过用IBV、H9N2及低致病性H7N9病毒单独及混合感染SPF鸡来建立支气管堵塞实验动物模型,并观察感染动物临床症状、病理变化、发病率和死亡率等。实验结果表明,H9N2和低致病性H7N9单独感染SPF鸡不会导致支气管堵塞症状发生,而IBV单独感染的SPF鸡40%（8/20）可以出现支气管堵塞症状,但当IBV和H9N2（75%,15/20）或H7N9（75%,15/20）混合感染时鸡的发病更严重,死亡率分别为40%和45%。混合感染组鸡支气管堵塞症状更明显,气管粘膜固有层大量炎性细胞浸润,表面有大量粘液渗出,肺内支气管充满大量炎性渗出物以及肾皮质内含多个淋巴细胞聚集灶。这些结果表明IBV和低致病性禽流感病毒的混合感染是导致临床鸡发生支气管堵塞的重要原因,为有效免疫防控支气管堵塞提供了理论依据及动物模型。