秦巴山区在地理上将中国划分为北方的暖温带和南方的亚热带。它也是许多物种之间的分界区和过渡区。对秦巴山区物种进行景观遗传学研究,可以探讨该过渡区的遗传基础以及在当前气候波动下,秦巴生态过渡区的稳定性与可能变迁。同时,也能够揭示气候过渡带对物种形成的可能影响。本研究以油松和巴山松为例,研究两个物种的种群遗传结构和地理分化,分析巴山松与油松的亲缘关系,为揭示秦巴山区的生态过渡性质对物种分化的影响提供参考。通过对29个油松与巴山松居群共747个个体的10个微卫星位点的遗传分析,我们发现这两种松树显现出在风媒异花传粉的树种中比较高的遗传多样性水平(He=0.8917),居群间有明显的遗传分化(Fst=0.3511)。这可能与它们栖息地生境复杂、间断分散,历史上发生过瓶颈效应,具有近亲繁殖系统,以及对环境的局部适应相关。种群间的遗传距离与地理上的距离并无相关性(r=-0.0886,p=0.3)。巴山松主要存在于大巴山,而油松主要分布在秦岭以北,并在武陵山区和大巴山有一些残余。两者之间的地理分界主要存在于秦岭山脉、武陵山脉与大巴山山脉的交界处。巴山松与油松存在广泛的基因渐渗,其中在边界上存在几个具有独特的遗传成分的居群,可能是由于大幅的种间杂交造成的。