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本篇论文主要介绍了通过一些较为传统经典的计算机辅助药物设计(CADD)方法与策略,分别从基于配体和基于受体的角度,针对三个不同的体系所开展的一系列常规的分子模拟与药物设计研究情况。论文的第一章主要概述了计算机辅助药物设计的常用方法与策略,并且对论文作出了总体的安排。论文的第二章,我们针对ER受体的两个不同亚型ERa和ERβ,分别基于23个ERa选择性配体和24个ERβ选择性配体构建了两个选择性的药效团模型。通过系统地比较与分析这两个药效团模型,我们解释了ER配体亚型选择性的机制。