【摘 要】
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目的:本实验通过对高原地区胃癌患者的癌和癌旁组织的全基因甲基化测序、转录组测序和靶向测序,得到高原地区胃癌DNA甲基化图谱和作用机制,并筛选出潜在的DNA甲基化胃癌诊疗标志物。方法:1.使用RRBS技术对5对高原地区胃癌组织和癌旁组织进行全基因组甲基化测序,筛选出其中的甲基化差异区域和甲基化差异基因,并了解其分布。2.使用转录组测序检测相同组织,筛选出差异表达基因。3.综合甲基化和转录组结果,分析
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目的:本实验通过对高原地区胃癌患者的癌和癌旁组织的全基因甲基化测序、转录组测序和靶向测序,得到高原地区胃癌DNA甲基化图谱和作用机制,并筛选出潜在的DNA甲基化胃癌诊疗标志物。方法:1.使用RRBS技术对5对高原地区胃癌组织和癌旁组织进行全基因组甲基化测序,筛选出其中的甲基化差异区域和甲基化差异基因,并了解其分布。2.使用转录组测序检测相同组织,筛选出差异表达基因。3.综合甲基化和转录组结果,分析DNA甲基化调控的基因影响高原地区胃癌的通路,筛选甲基化差异大且对转录有影响的候选基因。4.通过TBS技术对候选基因进行验证,寻找可作为胃癌标志物的甲基化位点。结果:1.通过全基因组甲基化测序,筛选出甲基化上调的差异区域196991个,下调差异区域43584个,对应11122个差异甲基化基因,这些差异区域主要分布在启动子区域,在1号、2号和19号染色体上最多。2.通过转录测序分析共筛选出1005个高表达基因,324个低表达基因。3.综合分析发现,DNA甲基化调控基因主要通过G蛋白藕联受体、PI3K-Akt和IL-17介导的信号通路影响着肿瘤的转移和细胞生长,氨基酸代谢可能是DNA甲基化调控胃癌进程的中介媒介,筛选出候选基因14个。4.TBS检测确证CNR1基因和FOXP2基因两个基因为差异甲基化基因,它们的相关甲基化位点是潜在的胃癌诊断标志物。结论:本研究通过全基因组甲基化测序和转录组分析,揭示了高原地区胃癌的甲基化部分特征,找到很多差异甲基化基因和差异表达基因,通过对这些基因的功能分析,初步探讨了DNA甲基化在高原地区胃癌的发病的作用机制。通过TBS检测,确认了基因cnr1和foxp2是差异甲基化基因,它们的相关甲基化位点是潜在的胃癌诊断标志物。
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