税收优惠政策经常被政府用来鼓励某些行业的发展，但是它会引致隐性税收的产生。而隐性税收同显性税收一样，对现代企业的投资、融资及日常的营运管理活动产生重大的影响。目前国内学者关于税收理论及实践方面的研究都仅仅考虑到显性税收对企业的影响，而忽视了隐性税收的存在，这样就无法充分考虑到税收对企业、对国家的整体效应。本文从隐性税收的概念出发，首先分析隐性税收产生的原因、计量方式包括完全竞争市场下计算隐性税收的S-W 模型和非完全竞争市场下计算隐性税收的C-W 模型；然后第一次从理论上尝试分析隐性税收在完全竞争市场、完全垄断市场、垄断竞争市场和寡头垄断市场下的最终归宿情况以及税收优惠政策在这四种市场结构下对优化资源配置，收入再分配所起的作用。理论分析完之后，进入实证研究，用实证来验证理论分析的准确性。 本文选取我国2003 年24 个行业454 家上市公司作为研究样本，建立7个研究假设和回归模型，运用SPSS 统计分析工具来分析隐性税收与公司所处的市场结构特征（主要是行业集中度和市场份额）之间的关系。7个研究假设中有两个假设通过了5％水平下的显著性检验，另有4 个假设没有通过5％水平下的显著性检验，有1 个假设与预期相反。从实证研究成果来看，隐性税收与公司的税前收益率的确存在着相关关系，证实国内隐性税收确实是存在的，说明S-W 模型在国内同样是可以适用的。从隐性税收与公司市场结构来看，二者之间同样存在着一定的相关关系，不过，从四企业集中度、市场份额等假设与税前收益率的相关关系来看：产业集中度反映产业内共有的垄断势力，市场份额可能反映了企业特有的垄断势力，所以产业集中度引致的利润为产业内大、小企业所共有，而市场份额引致的利润则为大企业所独有。 实证的目的在于检验理论的准确性，并运用到实践。本文的最后一部分就是将实证结果运用到实践中来，具体分析了隐性税收对政府税制改革的启示，包括政府制订税收优惠政策的目的，目前中国税收优惠存在的问题——内外资企业税负差异较大、东西部地区税负差异较大、引导产业的作用比较薄弱和征税上的低效率，以及税制改革中需注意行业等相关因素。同时，还分析了隐性税收对企业纳税筹划的影响，主要分析了对投资活动和筹资活动的影响。本文最后分析了研究隐性税收对完善税收理论所具有的重要意义。