《能源宪章条约》征收制度与绝大多数的投资协定的制度没有太大区别。但在晚近征收制度却呈现出一种新的发展态势。尤其是在关于间接征收的认定问题上,以美国为代表的国家在其投资协定中倾向于对间接征收的标准作出更加精确的定义。近年来,国际投资对间接征收进行了严格地限制,已成为一个主要发展趋势。《能源宪章条约》间接征收条款并未反映出这一趋势,且体现出其局限性。在《能源宪章条约》下,间接征收条款的解释适用涉及的涉及内容主要包括政府合理管制措施与间接征收的区分、税收措施对间接征收条款的适用以及合同权利的间接征收问题。首先,判例表明,在政府合理管制措施与间接征收的区分问题上,实践中并未形成统一的标准。单一的目的标准或者效果标准不能有效地应对日益复杂的案件,从而导致对间接征收条款的模糊适用,不利于东道国或者投资者的利益平衡。其次,《能源宪章条约》第21条中用词不一致引发了税收措施对间接征收条款的适用问题。仲裁庭一般认为税收措施可以适用于间接征收,并设置了国内法审查、国际法审查、税收机关行政审查机制。但部分审查流于形式化,在实践中并未发挥真正的效果。最后,合同权利作为无形财产,在实践中可以成为间接征收的对象。然而由于对合同权利的间接征收认定较为宽松,增加投资者滥用权利地风险,限制了东道国主权的行使。《能源宪章条约》间接征收条款应作出以下完善:（1）明确间接征收的定义;（2）引入比例原则,统一间接征收的认定标准;（3）合理分配间接征收的证明责任,维护东道国与投资者之间的利益平衡;（4）限制间接征收对象的“扩大化”,防止投资者权利滥用。