图兰扇头蜱线粒体基因组序列分析及其种内鉴定新基因标志物的建立

来源 :石河子大学 | 被引量 : 2次 | 上传用户:cutemaomao
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目的:(1)对图兰扇头蜱线粒体全基因组序列进行测定并对其结构特点进行分析,探讨扇头蜱属系统发育关系。(2)设计3个新的图兰扇头蜱种内鉴定的基因标志物,对图兰扇头蜱进行种内分子鉴定。方法:(1)根据Gen Bank数据库的扇头蜱属线粒体全基因组序列,设计出6对线粒体全基因组引物用于PCR扩增中国新疆图兰扇头蜱线粒体全基因组序列。运用多个基因分析软件进行线粒体全基因组序列的组装、分析,并进行进一步的12S r DNA和cox1基因的最大似然法(Maximum Likelihood,ML)系统发生学分析。(2)采集中国新疆南北疆7个县市等地区212只图兰扇头蜱,阿尔巴尼亚4个县市103只图兰扇头蜱,结合蜱的形态学特征及蜱线粒体16S r RNA和cox1基因,对所采集的蜱进行蜱种的初步形态学及分子生物学鉴定并进行ML法系统发育分析。根据扇头蜱属线粒体全基因组中的保守区域,设计3个新的线粒体序列基因标志物—nad1-16S r RNA(简称为N1),nad2-cox1(简称为N2),cox1-t RNA-Lys(简称为C1),扩增和分析中国新疆和阿尔巴尼亚图兰扇头蜱的N1、N2、C1片段并进行种内基因差异分析和ML法系统发生学分析。结果:(1)在国际上首次测出图兰扇头蜱全线粒体基因组长为14717 bp,其由13个蛋白质编码基因、22个t RNA基因、2个核糖体RNA基因和2个非编码区组成,各基因排列顺序与后沟类硬蜱相似。图兰扇头蜱全线粒体基因组核苷酸组成为A=37.80%,T=40.00%,G=9.90%,C=12.30%,A+T含量为77.80%;ML系统进化树显示图兰扇头蜱位于后沟类硬蜱分枝上,且与中国血红扇头蜱亲缘关系较近,其和血红扇头蜱中国株一道,与血红扇头蜱美国株形成姊妹种关系。(2)本研究的3个新的基因标志物(N1、N2、C1)是有效的图兰扇头蜱种内鉴定的基因工具,这3个基因标志物在中阿两国的图兰扇头蜱的差异分别为3.57-4.07%、3.57-4.39%和3.18-4.69%,将中国和阿尔巴尼亚的图兰扇头蜱分为两个不同的亚种。结论:(1)本研究首次在国际上完成图兰扇头蜱线粒体的全基因组测序;与大多数典型的后生动物线粒体基因组类似,图兰扇头蜱线粒体基因组包含37个基因,包括13个蛋白质编码基因、2个r RNA基因和22个t RNA基因且仅有一个拷贝,具备2个非编码控制区,呈闭合环状结构。就目前的研究和数据而言,本研究的图兰扇头蜱与血红扇头蜱中国株在系统发生关系上最近,但未来仍然需要扩增扇头蜱属的其他种的mt DNA来进行更广阔的分析。(2)本研究设计的3个新的图兰扇头蜱线粒体基因标志物—N1、N2、C1是有效的图兰扇头蜱种内鉴定基因标志物,将中国新疆和阿尔巴尼亚的图兰扇头蜱成功分为2个不同的亚种进化枝。图兰扇头蜱至少存在两个不同的亚种,未来应该大量采集世界其他地域的图兰扇头蜱进行亚种的研究。
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