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本研究利用磁珠富集法开发草鱼(Ctenopharyngodon idella)基因组微卫星标记；以草鱼F1代全同胞群体为作图群体，采用拟测交策略，构建草鱼微卫星遗传连锁图谱；以草鱼遗传图谱为基础，使用多座位QTL检测模型，对草鱼生长相关性状进行初步的QTL定位。主要研究成果如下：
1)采用磁珠富集法，从草鱼基因组中克隆了AG重复的微卫星标记。从微卫星富集文库中挑出742个阳性克隆进行DNA测序，共得到571个微卫星座位。
2)采用拟测交策略，以271尾F1代个体为作图群体，分别构建了草鱼雌、雄以及性别平均微卫星遗传连锁图谱。雌性图谱共整合87个SSR标记，包括19个连锁群，图谱的观测长度为836.1 cM，相邻标记间平均间隔为13.2cM；雄性图谱共整合81个SSR标记，图谱的观测长度为464.8cM，包括18个连锁群，相邻标记间平均间隔为10.2cM；性别平均图谱共整合97个SSR标记，包括20个连锁群，图谱的观测长度为776.3cM，相邻标记问平均间隔为12.6cM。雌性、雄性和性别平均图谱的覆盖率分别为63.1％、56.8％和61％。
3)以性别平均连锁图为基础，采用MapQTL4.0软件多重QTL定位模式(MQM)定位草鱼生长性状QTL。共定位22个生长相关性状的QTL，各QTL的LOD值在2.5-7.3之间，可解释3.8％到17.7％的表型变异，其中原始体重、终末体重、净增体重和增重率性状各定位了1个QTL，净增体长、特定生长率、饵料转化系数和终末丰满度性状分别定位了2个QTL，原始体长和原始丰满度性状分别定位了3个QTL，摄食率性状定位了4个QTL。本实验定位的22个QTL集中分布于8个连锁群，这8个连锁群分别为LG1、LG2、LG4、LG5、LG7、LG8、LG10和LG20。
本研究结果表明：磁珠富集法可作为分离草鱼微卫星DNA标记的有效手段，并可为今后进一步开发大量的草鱼基因组微卫星DNA标记奠定基础；草鱼遗传图谱的构建及生长相关性状的QTL定位为我们下一步开展草鱼分子标记辅助选择育种，QTL精细定位和比较基因作图打下基础。另外本研究同草鱼全基因组测序研究相结合对草鱼生长性状相关功能基因的克隆具有重要意义，并最终推动草鱼的遗传改良。