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背景和目的(1)生物信息学方法分析TCGA中食管鳞癌(ESCC)组织中转录组差异表达RNA,构建以LINC00520为中心的ceRNA调控网络,并对LINC00520进行功能预测。(2)对LINC00520-miR-204-5p-TrkB ceRNA网络的调控关系进行验证。(3)对LINC00520及miR-204-5p进行相关功能检测,包括增殖、迁移、克隆形成和上皮-间质转化(EMT)。材料与方法(1)下载TCGA数据库中ESCC相关数据,使用R语言筛选ESCC癌及癌旁组织差异表达的lncRNA、miRNA及mRNA,筛选标准为log FC>2且P<0.05。利用差异基因构建以LINC00520为中心的ceRNA调控网络。(2)通过在线数据库MEM对LINC00520进行下游靶基因预测,并对其靶基因进行GO、KEGG分析以预测LINC00520相关功能。(3)qRT-PCR对30例ESCC(配对癌和癌旁正常黏膜)组织标本及细胞系中LINC00520、miR-204-5p、TrkB的表达进行验证。(4)用LINC00520的siRNA转染ESCC细胞系EC9706和Kyse450,qPT-PCR检测下游miR-204-5p及TrkB mRNA的表达量变化,WB检测TrkB蛋白及EMT相关蛋白表达变化,用划痕实验、MTT、克隆形成实验检测LINC00520对ESCC细胞迁移、细胞增殖、克隆形成的影响。(5)用miR-204-5p的mimic转染食管鳞癌细胞系EC9706和Kyse450细胞,分别用qPT-PCR和WB检测下游TrkB mRNA及其蛋白表达量的变化,用划痕实验、MTT、克隆形成实验检测ESCC细胞迁移、细胞增殖、克隆形成的变化。结果(1)从TCGA数据库的ESCC的转录组测序数据中,共筛选出差异lncRNA1160个、mRNA 2064个、miRNA 69个。成功构建了以LINC00520为中心的lncRNA/miRNA/mRNA的ceRNA调控网络。该网络中包括miRNA 3个,mRNA13个。(2)对LINC00520进行靶基因预测,挑选前300个mRNA进行GO功能富集、KEGG通路富集分析,结果显示LINC00520可能参与ESCC的发生、发展。(3)qPT-PCR结果显示LINC00520及TrkB在食管癌组织标本及细胞系中表达升高(p<0.05),miR-204-5p的表达降低(p<0.05)。(4)敲除LINC00520后,miR-204-5p基因表达升高,TrkB mRNA及蛋白表达均降低。敲除LINC00520抑制食管鳞癌细胞迁移、克隆形成、细胞增殖及EMT转化。(5)转染miR-204-5p mimic后TrkB mRNA及蛋白表达均降低并抑制细胞迁移、克隆形成、细胞增殖。结论(1)LINC00520在ESCC中表达增高,作为癌基因促进ESCC细胞的增殖、迁移、克隆形成及EMT转化。miR-204-5p在ESCC中表达降低,可以作为抑癌基因抑制ESCC细胞的增殖、迁移及克隆形成。(2)LINC00520通过miR-204-5p上调TrkB的表达,进而促进ESCC的发生、发展。