随着现代社会经济快速发展以及高等教育的大众化，我国现行的大学制度面临前所未有的挑战，《国家中长期教育改革和发展规划纲要(2010-2020年)》，把提高人才培养质量和增强社会服务能力列为高等教育下一阶段的发展任务，同时提出了推进政校分开、管办分离，落实和扩大学校办学自主权，完善中国特色现代大学制度的体制改革要求。研究政府与高等学校的关系，理清政府部门和高等学校各自的权力与责任，明晰哪些是政府“该管的”，哪些是“不该管，管不好”的，探索一种在政府部门监督与指导下，高等学校既能自我发展又能自我约束的现代大学制度，促使政府和高等学校合理使用权力，使政府部门有权善用，高等学校有权可用，正是推进政校分开、管办分离，落实高等学校办学自主权，建立中国特色现代大学制度的前提，是全社会都十分关心的问题。本文以政府与高等学校的权责关系为研究对象，运用政府角色理论、新公共管理理论和行政生态学等理论知识分析政府监管高等学校的合理性和必然性、政府和高等学校的角色定位、政府和高等学校的权力界限等,以政府与某公立高等学校教学管理部门间的行政往来公文为实例，对政府与高等学校的关系进行实证研究，得出政府在对高等学校的监管过程中，存在管理越位和服务缺位的问题。认为相关法律的可执行性不强、政府与高等学校的权力界限模糊，政府对学校管理越位和服务缺位是造成府学关系失衡的原因，失衡的府学关系又带来高等学校缺乏办学特色，人才培养质量达不到社会预期，教育行政化色彩浓厚，学术自由得不到应有的尊重等广受诟病的高等教育问题，提出了完善相关法律，提高法律的可执行性，明确界定政府与高等学校的管理权力，制定共同遵守的大学章程，优化教育评价体系，引入非官方教育评价机构，通过项目委托等形式加强府学合作等改进建议。