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第一部分基于全基因组测序的西藏结核病传播特征分析目的利用全基因组测序技术分析西藏地区结核病近期传播及其相关影响因素和跨区传播情况,为当地相关部门制定防治管理措施提供参考依据。方法收集西藏2006、2009和2010年的结核分枝杆菌菌株576株,通过流行病学调查获取每株菌株的社会人口学信息、临床特征等信息。利用全基因组测序技术回顾性分析西藏的结核病的传播情况,并分析影响西藏结核病传播的相关因素、跨区传播的情况。结果(1)以5个和12个SNP为界,在540株MTB中分别鉴定到196株(36.3%)和308株(57.0%)成簇菌株。(2)单因素分析结果显示2010年、痰涂片(+)、北京基因型、RR/MDR均为成簇的影响因子(P值均<0.05);多因素分析结果提示无论以SNP≤5还是SNP≤12定义成簇时,2010年(OR5=2.72,95%CI:1.70-4.48;OR12=1.88,95%CI:1.22-2.97)、北京基因型(ORSNP≤5=3.77,95%CI:1.72-9.49;OR SNP≤12=4.91,95%CI:2.48-10.47)、RR/MDR(OR SNP≤5=2.02,95%CI:1.39-2.49;OR SNP≤12=1.69,95%CI:1.17-2.94)均为成簇的危险因素(P值均<0.05)。(3)西藏地区所形成的区外联系(52.1%)略大于区内联系(47.8%),各区内除拉萨以区内联系(66.1%)为主外,其他六个区皆以区外联系为主。(4)不同大小的传播簇簇中初复治病例分布具有统计学差异(=10.766,P=0.005)。2c结论西藏结核病近期传播较为严重,其与北京基因型、RR/MDR高度相关,且传播簇的大小与初复治有关。拉萨以区内传播为主,其他各区皆以区外跨区传播为主。第二部分基于全基因组测序的中国耐多药结核分枝杆菌耐药特征分析目的利用全基因组测序数据分析中国耐多药结核分枝杆菌的耐药相关基因突变谱和主要突变类型及其与菌株基因型的相关性。方法查询并下载NCBI数据库中截止2019年8月前已公开发表的中国结核分枝杆菌全基因组测序数据,利用全基因组数据预测菌株分子药敏结果,统计不同药物耐药相关基因的突变类型,并分析耐药突变类型与菌株基因型的相关性。结果(1)根据分子药敏结果从2019株菌株中鉴定出1122株利福平耐药株,其中1024株(91.3%)为耐多药菌株。(2)1024株耐多药菌株对常用抗结核药物的耐药相关基因主要突变类型分别为kat G S315T(73.2%,异烟肼)、rpo B S450L(63.1%,利福平)、rps L K43R(70.0%,链霉素)、emb B M306V(37.4%,乙胺丁醇)、pnc A_promoter T(-11)C(7.9%,吡嗪酰胺)、gyr A A90V(32.3%,氟喹诺酮类)、rrs A1401G(67.7%,二线注射类)、fab G1_promoter C(-15)T(87.0%,乙硫异烟胺)、fol C I43T(30.4%,对氨基水杨酸)。(3)Geno Type MTBDRplus对INH和RFP的检测率分别为99.1%、90.0%,MTBDRs I对FQs和SLID的检测率分别为95.5%、88.2%。(4)kat G S315T、rps L K43R、emb B M306V、gyr A D94G在L2系菌株中的比例显著高于L4系菌株,fol C I43T仅在L2系菌株中发现;kat G S315T在古老北京型菌株中比例较高,而rps L K43R在现代北京型菌株中的比例更高,其差异均有统计学意义(P<0.05)。结论本研究提供了基于全基因组测序的中国耐多药结核分枝杆菌对多种常用抗结核药的耐药相关基因主要突变类型,为研发敏感、特异的快速分子检测方法提供了依据;同时也发现多种耐药相关基因主要突变类型与菌株基因型有关。