在传统合作社制度框架下，合作社是基于相同或相似特征社员的联合，所有社员同时作为惠顾者和所有者参与合作社运营。社员的相对同质性和惠顾者与所有者同一的特征，为传统合作社的按惠顾额分配盈余和社员民主管理提供了条件，在客观存在的代理关系上基本保证了代理人与委托人利益的一致性。因此，传统合作社制度框架下的治理结构和治理机制相对简单。然而，从目前我国渔民专业合作社发展实践来看，成员异质性已成为合作社发展的常态。除了在年龄、受教育程度以及生产规模、生产成本、技术水平、收入状况、社会关系等方面存在的显著差异外，渔民专业合作社的成员异质性还集中表现在要素贡献的异质化、参与动机和参与目的的异质化以及参与角色的异质化三个方面，其中要素禀赋和要素贡献的差异化是合作社成员异质性的本质表现。成员异质性对我国渔民专业合作社的产权安排产生了深远影响，它使合作社社员联合所有的产权制度在实现形式上逐步多样化，在具体的产权安排上，对社员平等出资和社员民主控制赋予了更加丰富的内容，使其不再拘泥于绝对的等额出资和绝对的一人一票，股份合作制成为成员异质性合作社中最为普遍的产权形式。产权是合作社治理的基础，成员异质性合作社变化了的产权安排对合作社治理提出了新的要求。通过对样本合作社的调研和对案例合作社的深入分析发现，成员异质性渔民专业合作社中，由于社员要素禀赋和要素贡献的差异，合作社社员出现了分层，责权利在不同要素提供者之间的分配格局呈现出明显的差异化特征，稀缺要素所有者普遍掌握了合作社的实际控制权，合作社委托代理关系演化为不同层级要素提供者之间的代理关系。在此背景下，作为一般要素所有者的委托人与掌握稀缺要素的代理人的利益一致性面临挑战，合作社治理衍变为以稀缺要素所有者为核心的“大户治理”、“资本控制”和“稀缺要素所有者治理”，偏离了经典合作社“一人一票”、“按惠顾额分配”和“资本限制”的民主管理的一般要求。论文指出，不能简单地以经典合作社原则和合作社法的具体条目来判断成员异质性合作社治理的科学性，成员异质性渔民专业合作社中向稀缺要素所有者倾斜的治理结构实际上是一种尊重社员要素禀赋和要素贡献差异的有效率的制度设计，它充分调动了稀缺要素所有者的积极性，有利于提高合作社的决策效率和经营绩效，同时也满足了一般渔户的价格改进和技术指导等需求，有利于实现全体社员的帕累托改进。值得注意的是，如果这种制度倾斜超出了一定范围，将不可避免地引发“大农吃小农”、“普通社员边缘化”等问题，并加重“道德风险”、“搭便车”等机会主义行为。由此得出的结论是，成员异质性合作社治理结构和治理机制应是这样一种制度设计，它能在不伤害稀缺要素所有者社员的积极性的前提下，确保一般社员的利益不被核心社员所侵占。同时，合作社治理的关键问题也不应是对稀缺要素所有者社员权利的绝对削减，而是要通过不断提升一般社员的合作参与度和监督能力，实现对核心社员权利的相对约束和限制。依据上述逻辑，成员异质性渔民专业合作社的治理应以“有效激励、保障公平、提高效率、机构分权与制衡、制度约束与文化凝聚相结合”等五项原则为指导，通过规范合作社的产权基础、优化合作社法人治理结构、构建“能人治社”与民主管理相结合的决策机制、完善合作社激励机制并建立行之有效的约束与监督机制等多项措施，实现合作社治理的科学化。