仿刺参(Apostichopus japonicus)作为一种重要的水产养殖物种，具有很高的食用和药用价值，已成为水产养殖业的支柱产业之一。同时水产养殖业的健康和可持续发展需要优良的种质资源，可靠的分子标记辅助选择（Marker-assistedselection，MAS）可以为其提供技术支撑，加速育种进程。本研究采用2b-RAD技术构建了首张仿刺参高密度SNP遗传连锁图谱，为开展精细QTL定位及分子标记辅助育种奠定了坚实的基础。1、仿刺参测序文库的构建及质量控制本研究应用2b-RAD技术，以仿刺参两亲本及100个F1子代作为作图群体，提取肌肉组织DNA，经过BSAXⅠ酶切获得33bp的DNA片段，连接特异性接头，灵活控制亲本与子代标签数目，两轮PCR扩增引入特定Barcode，纯化完成102个测序文库构建。克隆预测序及Hiseq2000平台上机前预测序检测文库质量，合格后正式进入高通量测序阶段。2、仿刺参高密度SNP遗传连锁图谱的构建及QTL分析对测序得到的原始数据，首先进行小片段去除和质量筛查，随后利用本实验室自主研发的RADtyping分型策略筛选可靠标记，共获得母本、父本和子代平均高质量序列比例达到98%、85%和91%，分型后共得到符合孟德尔分离比(P≥0.5)的共显性和显性标记分别为3915个和9455个。在共显性标记中父本特有标记（ll×lm）1573个，母本特有标记（np×nn）1782个，共享标记（hk×hk）560个。为成功构建仿刺参SNP高密度遗传连锁图谱，本研究中采用双假拟测交作图策略，在分型得到的3915个共显性标记作图的基础上，通过提高显性标记的测序深度筛选最为可靠的显性标记添加到图谱中去。我们首先分别构建了仿刺参雌性遗传连锁图谱和雄性遗传连锁图谱。其中雌性遗传连锁图谱包含22条连锁群，共3156个标记，总长为3705.34cM，标记间平均间隔为1.20cM；雄性遗传连锁图谱包含22条连锁群，共2442个标记，总长为1529.45cM，标记间平均间隔为0.74cM。在此基础上，通过共享标记（hk×hk）在MergeMap Online平台上完成图谱的整合。整合图谱共有22个连锁群，标记总数为5328个，每个连锁群标记数目为132-349个不等，平均标记数为242个，连锁群长度在93.9cM-293.9cM之间，图谱总长度为3697.02cM，标记间平均间隔为0.57cM。经过计算预期图谱长度为3727.66cM，所以图谱覆盖率达到99.2%。最终利用MapCharp software完成图谱图形化。本研究中利用已构建的仿刺参SNP遗传连锁图谱，统计了100个F1子代个体的体重性状。通过MapQTL5.0软件及GWAS联合分析可能的QTL位点，结果仅在染色体水平发现与仿刺参体重性状相关的可能标记位点，而未在全基因组水平找到体重性状相关的QTL位点。